Saison 3 : Réinitialisé

La paix est revenue, les héros sont devenus professeurs et Ninjago renaît de ces cendres. Mais, au cours d'un voyage scolaire, les ninjas entrent en contact avec un inventeur qui leur confie des armes étranges. Ils se rendent compte que non seulement Overlord n'a pas été détruit, mais qu'il convoite ces armes également...

Overlord est toujours à la recherche des Techno Lames. Pour découvrir où elles sont cachées, il pénètre dans les souvenirs du Sensei Wu. Pendant ce temps, les ninjas écoutent attentivement une leçon exceptionnelle du tout nouveau Sensei Garmadon, sur l'art de combattre sans combattre. Ils auront bientôt l'occasion de mettre son enseignement en pratique...

Un mystérieux personnage arrive à réalimenter les nindroids, privant les ninjas de leur avantage. Pendant ce temps, le ninja d'or et son père s'apprètent à s'enfoncer dans une jungle hostile, sous les yeux de leur pire ennemi...

Toujours à la recherche de celui qui a volé le disque dur, les ninjas descendent sous terre à la rencontre des serpents qui leur racontent une de leurs vieilles légendes : la malédiction du maître d'or...

Afin d'empêcher le Lord Suprême de voler les pouvoirs du maître d'or et ainsi devenir tout puissant, les ninjas doivent être numérisés pour aller le combattre à l'intérieur du Digivers. Les voilà plongés dans un jeu vidéo dont ils devront très vite comprendre les règles s'ils veulent avoir une chance de s'en sortir. Pendant ce temps, dans le monde réel, Pythor tente de piéger les ninjas à l'intérieur de l'univers numérique à tout jamais...

Alors que les ninjago tentent d'arrêter Pythor et de retrouver Borg, ils mettent la main sur une série d'indices qui les oriente vers un plan mystérieux nommé «Projet Arcturus». Lorsqu'ils interceptent un convoi dirigé par Pythor, ils découvrent qu'Overlord est toujours vivant, et qu'il n'a pas abandonné ses projets de devenir le tout puissant maître d'or...

Les ninjas doivent arrêter le général Cryptor avant qu'il ne s'empare des armes d'or. Ils doivent prendre le contrôle de son vaisseau pour rentrer chez eux. Mais lorsqu'ils atterrissent sur la comète sur laquelle se trouvent les armes, ils font une drôle de rencontre...

Overlord est sur le point de l'emporter et de prendre le pouvoir à Ninjago mais les ninjas réussissent à quitter la planète où ils étaient pris au piège et reprennent le combat. Mais la situation semble désespérée, lorsque Zane, pour sauver ses amis et tous les habitants, se résout à accomplir l'ultime sacrifice...