Saison 2

Le bureau des affaires non classées du FBI a été démantelé. Mulder, dont les travaux devenaient trop dérangeants, a été muté sur une banale affaire d'écoute téléphonique. Une mise au placard à peine voilée... Un soir, il est discrètement convoqué chez le sénateur Matheson, qui fut l'un de ses plus ardents défenseurs. L'homme politique prétend que l'observatoire d'Arecibo, à Porto-Rico, récemment fermé pour cause de restrictions budgétaires, aurait reçu des messages provenant de l'espace...

À bord d'un cargo russe, un organisme à forme humaine s'est installé dans le réservoir des eaux usées. Devant la désolante banalité de ses nouvelles missions, Mulder envisage de quitter définitivement le FBI. Scully pratique l'autopsie d'un membre de l'équipage du cargo et découvre une sorte de vers installé dans le cadavre. Une suite de cas similaires conduit les deux agents à enquêter sur cette mystérieuse créature vivant dans les égouts...

C'est la stupeur à Baltimore : un citoyen jusque là respectable vient d'éliminer les dix personnes qui se trouvaient avec lui dans un ascenseur. L'agresseur a été lui-même rattrapé par un vigile alors qu'il tentait de s'enfuir. Quelques jours plus tard, c'est un garagiste de la ville qui est retrouvé sans vie. Sa dernière cliente, Mme McRoberts, est aussitôt soupçonnée par Mulder, qui a été chargé de l'enquête...

Paul Grissom, un médecin spécialisé dans les troubles du sommeil, est victime d'une crise cardiaque foudroyante. Avant de décéder, le défunt a appelé les pompiers pour signaler un incendie à son domicile. Mais la police ne trouve aucune trace de feu sur les lieux du drame. Intrigué par l'affaire, Mulder demande à son supérieur, Skinner, d'être chargé du dossier...

Duane Barry, un ancien agent du FBI, prend en otage son psychologue et trois autres personnes dans une agence de voyages. En échange de leur libération, il demande à être conduit sur le site où il dit avoir été enlevé par des extraterrestres. L'intérêt que leur porte Mulder rapproche les deux hommes et l'aide à gagner peu à peu la confiance de Barry, mais Scully qui le connaît bien met rapidement Mulder en garde contre sa mythomanie et ses hallucinations...

Scully a été enlevée par Duane Barry, un homme mentalement dérangé qui croit que des extraterrestres le poursuivent. Mulder retrouve leur trace grâce à la vidéo faîte lors de leur arrestation pour excès de vitesse et part à la recherche de Scully, qui est apparue vivante, dans les montagnes de Virginie. Mulder doit également tenir tête à son nouveau coéquipier, Krycek, qui semble faire tout son possible pour l'empêcher de les retrouver...

Plusieurs semaines se sont écoulées depuis la mystérieuse disparition de l'agent Dana Scully. Une dernière fois, Fox Mulder fouille le bureau de sa collègue, à la recherche d'un éventuel indice. L'agent du FBI, spécialiste des sciences occultes et des phénomènes inexpliqués, s'apprête à partir pour Los Angeles, où on l'attend pour élucider une série de meurtres...

Alors que la mère de Scully commence à perdre espoir, le corps de Dana réapparaît soudainement dans un petit hôpital local mais dans un état critique : dans le coma, elle doit être maintenue en vie par assistance respiratoire. Son ADN semble avoir été modifié et un mystérieux inconnu vient dérober un échantillon de son sang sous les yeux de Mulder...

Pasadena, Californie. L'Institut d'Observation Volcanologique capte un message sur une fréquence d'urgence, lancé par une équipe de chercheurs partis explorer l'intérieur d'un volcan, au moyen d'un robot ultra-perfectionné : le "Firewalker". Une liaison vidéo avec le camp de base permet de découvrir le sol du cratère, puis le corps du chef de l'expédition, un sismologue de renom...

Mulder enquête sur le cas de Gary Kane, un adolescent disparu qui a été retrouvé par la police, errant en sous-vêtements dans un bois. Il ne semble avoir subi aucune violence, mais une phrase étrange a été écrite sur son dos. Sur les conseils du shérif, Mulder rend visite à la communauté du Musée rouge, dont le leader intervient auprès de ses fidèles au moyen d'un ordinateur...

Michelle, infirmière de la maison de retraite Excelsis Dei, a été agressée par une force invisible. Doutant du témoignage de la jeune femme, la police a rapidement classé l'affaire. En désespoir de cause, elle contacte Mulder et Scully. Les deux agents mènent l'enquête dans cet établissement spécialisé dans les troubles du comportement liés à la sénilité...

Depuis qu'elle est enceinte, B.J Morrow affirme avoir des visions effrayantes. Dernièrement, elle a vu un homme ensevelir un corps et a été capable de localiser exactement le lieu où le retrouver. Grâce aux empreintes dentaires du cadavre, Mulder et Scully réussissent à identifier le corps comme étant celui d'un ancien agent du FBI, Sam Chaney, disparu avec son coéquipier dans les années 40. Intrigués par les dons de B.J., Mulder et Scully partent enquêter sur place...

A Minneapolis, la police est à la recherche de l'individu qui a profané plusieurs tombes. Habitués aux affaires sensibles, Mulder et Scully sont appelés en renfort. Malgré son expérience, Dana est troublée par ce nouveau dossier. Mulder, lui, garde la tête froide. Il sait qu'il doit agir vite : s'il reste impuni trop longtemps, le fétichiste risque de s'intéresser à des «proies» vivantes pour compléter sa collection de trophées...

A la demande du shérif, Mulder et Scully se rendent dans une petite ville habitée par une communauté sataniste. Des adolescents ont délivré une puissante force démoniaque en récitant une formule de magie noire et l'un d'entre eux, qui n'a pu s'échapper, est retrouvé mutilé. Lors de l'interrogatoire, il s'avère que les adolescents semblent avoir perdu la mémoire...

Un camp de réfugiés haïtiens est le théâtre d'accidents mystérieux : deux Marines ont été retrouvés morts. La thèse du suicide est avancée et le cas a été bouclé, mais la veuve de Robin McAlpin croit à une autre version. Le vaudou pourrait avoir un lien avec la mort des marines, depuis que Beauvais, un révolutionnaire détenu en cellule d'isolation, a menacé de voler les âmes de tous les marines à moins que son peuple ne soit libéré...

Un vaisseau spatial, qui selon les médias est un avion russe, tombe dans l'océan arctique. Une équipe de chercheurs qui travaillait non loin du site vient à l'aide du pilote, mais celui-ci a disparu. Ce chasseur de prime commence à tuer des médecins qui ont en commun de pratiquer l'avortement, en déguisant son crime sous l'incendie de la clinique où ils exercent. L'enquête de Mulder patine lorsqu'il apprend que les corps des victimes ne sont jamais retrouvés...

Mulder a retrouvé sa sœur, kidnappée par des extraterrestres dans son enfance. Le chasseur de primes la recherche et piège Scully dans sa chambre d'hôtel en prenant l'apparence de Mulder. Il aurait pour mission de mettre fin à une colonie d'extraterrestres installée sur terre depuis 1940, en éliminant tous les clones qu'ils ont créés, dont Samantha est un des modèles originaux...

Une puissante force invisible sème la terreur dans une petite ville de l'Idaho. L'affaire se complique lorsque certains animaux du zoo disparaissent de leur cage en se dématérialisant, peu avant les meurtres. Mulder et Scully doivent de plus démêler les témoignages et accusations des employés du zoo qui ont tous leur idée du coupable...

Le lieutenant Harper est l'unique rescapé du naufrage d'un bateau de la Marine, qui a mystérieusement sombré au fond des eaux de l'atlantique nord. A l'hôpital, Scully se rend compte que le jeune homme de 28 ans a en réalité l'apparence d'un vieillard. Mulder, qui lie l'affaire à un projet militaire secret lancé pendant la seconde guerre mondiale, a déjà un semblant de réponse à la question et part à la recherche de l'épave du USS Ardent...

Mulder et Scully assistent à un enterrement pas comme les autres. Le défunt, Jerald Glasburgh, était l'un des meilleurs illusionnistes américains mais, à cause de son allure physique, il ne se produisait que parmi des phénomènes de foires. L'homme souffrait en effet d'une maladie congénitale qui dessèche l'épiderme et ressemble à une peau en écailles. Jerald a été assassiné. L'arme du crime est d'origine inconnue...