Saison 3

Sydney vit un véritable cauchemar. Réveillée en plein coeur de Hong Kong deux ans après la bagarre avec le double de Francie, elle n'a aucun souvenir de ce qui a pu lui arriver depuis. La confrontation avec la réalité lui est des plus pénibles. Elle découvre que tout le monde la croyait morte, que Vaughn est remarié et ne travaille plus pour la CIA, que son père est en prison, que Dixon est le nouveau directeur de l'Agence et... que Sloane serait désormais dans le camp des " gentils " depuis qu'il est parvenu à monter la machine de Rambaldi !

Après avoir visionné une vidéo sur laquelle on la voit tuer un diplôme russe, Sydney est plus que jamais décidée à élucider le mystère qui plane sur ces deux années de sa vie. Elle se replonge immédiatement dans le travail et apprend que la Convention, une bande de nationalistes russes anciennement membres du KGB, réclame la libération de Sark contre un de leurs agents...Vaughn avoue à Sydney qu'après sa prétendue mort, il était tellement désespéré qu'il a failli mettre fin à ses jours... Jack soupçonne Sloane d'être lié à la disparition de Sydney et pense que les infos qu'il donne pour démanteler des cellules terroristes ne sont qu'une façade ...

Sydney rencontre Laureen Reed la femme de Michael Vaughn qui travaille à la NSC pour assister la CIA dans la lutte contre la Convention. Elle estégalement chargé d'enqueter sur la mort de Lazarey, un diplomate Russe... Après le crash d'un satellite russe sur leur propre territoire, la CIA décide de surveiller Sark qui est soupconné de créer une riposte nucléaire aux USA. De plus,il pourrait les mener au chef de la Convention ...

Sydney est hantée par le meurtre qu'elle a commis sur Lazaray le diplomate russe ... Pendant ce temps, une équipe de 4 hommes a dérobé dans un labo français des fioles contenant des souches du virus Ebola. Un des hommes a été infecté par le virus lors du cambriolage. Il a été arrêté et Sydney et Laureen sont chargées de son interrogation. Celui-ci leur avoue qu'un second cambriolage va avoir lieu afin de dérober une autre substance qui pourrait rendre le virus Ebola encore plus dangereux ...

Sydney a infiltré une équipe payée par la Convention. Ensemble ils dérobent un agent biologique. Pendant l'opération Vaughn est pris par l'équipe et Sydney doit lui tirer dessus pour prouver sa loyauté. Vaughn est laissé pourmort... Sark, de son côté, récupère l'agent biologique avant que Sydney puisse le récupérer...Vaughn, inconscient et gravement blessé, est récupéré par la CIA. Il est immédiatement transféré à l'hôpital, où Sydney apprend à Lauren que c'est elle qui l'a poignardé ...

Sloane, devenu agent double à la Convention pour le compte de la CIA, demande à Sydney de devenir son intermédiaire ... La Convention veut récupérer un appareil qui leur donnera accès à l'arsenal stratégique de Russie créé par un certain Lang, ingénieur informaticien. C'est une machine testant les failles de sécurité dans lescentres nucléaires. Ayant découvert qu'il ne travaillait pas pour le gouvernement russe, Lang est en cavale pour empêcher la Convention demettre la main sur l'appareil. Sydney et Vaughn ont pour mission de retrouver Lang avant la Convention ...

Sydney réussit à intercepter l'appareil convoité par la Convention et lors de la confrontation finale, elle abat Allison. Mais de son transfert vers l'hôpital, cette dernière parvient à s'échapper en dépit de ses blessures ... Un peu plus tard, Sydney rencontre le psychologue de la CIA afin de lui faire part de son désir d'entamer une procédure expérimentale permettant de luirendre la mémoire. Mais celui-ci tente de l'en dissuader ... Pour sa prochaine mission, Sydney doit accompagner Sloane afin de voler une arme laser destructrice dont veut s'approprier la Convention ...

La NSC découvre que c'est Sydney qui a tué le diplomate Russe Lazaray. La jeune femme est retrouvée à Rome - sur les traces de son passé - puis jetée en prison. Lindsay prend le contrôle de la CIA et décide de faire subir une opération à Sydney afin de lui faire recouvrer la mémoire sur ce qui lui est arrivé durant ces 2 dernières années ... Jack, Vaughn et Sloane s'unissent et mettent au point un plan pour éviter à Sydney, détenue par la NSC, cette opération qui lui détruirait la cerveau ...

Sydney, toujours entre les mains de Lindsay, leur livre sous la torture de fausses informations puis l'équipe réunie par Jack réussit son extraction juste avant l'opération fatale ... Maintenant fugitive, Sydney part avec son père sur le lieu des coordonnées décodées. Ils y découvrent une main humaine avec un symbole deRambaldi dessus ... Pendant ce temps, Dixon est arrêté devant sa famille par le FBI pourobstruction à une enquête fédérale. De plus, une autre piste pourrait permettre à Sydney de retrouver la mémoire avec une thérapie non-chirurgicale développée par le Dr Brezzel ...

De mèche avec Jack et Michael, Lauren fait croire à Lindsay que la Convention réclame la machine de Rambaldi en échange de la libération de Sydney ... Pour des raisons obscures, Lindsay demande à Sloane d'engager un sniper afin d'éliminer Sydney durant la transaction ... Avec l'aide du Dr Brezzel, Sydney retrouve des bribes de souvenirs. Lorsqu'au cours de la thérapie, elle voit Will, elle comprend que son ami a des informations qui peuvent l'aider. Elle décide alors de le retrouver ...

Durant la transaction pour la libération de Sydney, Lindsay est assassiné sur ordre de Sloane. La fiole trouvée dans un hôtel de Varsovie par Sydney et qui s'avère être l'ADN de Rambaldi est récupérée par le Département des Recherches Spéciales de la CIA pour analyses. Peu de temps après, Sydney est enlevée dans son appartement par Kendall qui lui révèle en détails toute l'histoire des 2 années manquantes de sa vie ...

La CIA réussit à retrouver puis à détruire la fiole contenant l'ADN de Rambaldi qui devait servir à fertiliser les ovules de Sydney, l'Elue et la mère supposée de son fils. En même temps Lazaray est libéré puis est assassiné un peu plus tard lors de son arrivée à l'hôpital par Lauren qui se trouve être agent double pour la Convention. En échange de son extraction etde son immunité, un membre de la Convention est prêt à dévoiler tout ce qu'il sait sur ses employeurs. Vaughn et Sydney sont chargés de le récupérer et partent pour la Corée du Nord ...

D'après les infos communiquées par Lisenker à la CIA, un micro-disque contient l'agenda Delyack qui dévoile les plans des 6 cellules du Covenant dont les noms et les quartiers généraux des leaders de ces cellules. La CIA veut mettre la main sur ce micro-disque caché dans un chalet à Chamonix. Le système de sécurité ultra-perfectionné étant impossible à franchir, Sydney et Weiss doivent en retrouver l'auteur : Toni Cummings... Sark, de son côté, entre en contact avec Lauren et lui propose de s'allier pour éliminer les leaders du Covenant afin d'en prendre le contrôle ...

La CIA a intercepté une transmission indiquant qu'un groupe de terroristes serait en possession d'une charge à plasma, une bombe qui pourrait causer beaucoup de dommages. Afin de localiser et intercepter la bombe, Sydney et Vaughn doivent accéder aux ordinateurs d'un bâtiment d'entreposage digital à Vancouver ... Jack est chargé de coordonner une enquête pour découvrir s'il y a une taupe au sein de la CIA ...

Un certain Daniel Ryan a apporté une amélioration à la bombe à plasma qui la rend impossible à désamorcer. Pour en faire la démonstration, il a fait exploser un bâtiment du centre-ville. Comme Ryan s'apprête à vendre la bombe au Covenant, la CIA décide de le contacter en se faisant passer pour le Covenant ...

Le sénateur Reed débarque à la CIA pour superviser l'interrogatoire de Sark. Mais ce dernier parvient à s'échapper mystérieusement de l'avion qui le ramenait de France. Peu de temps après, Dixon apprend que Sark retient ses enfants et qu'il exige en échange la libération de 5 agents du Covenant détenus par différents gouvernements. Dixon a alors une décision difficile à prendre qui aura une influence déterminante sur la vie de ses gosses ...

Le Covenant s'est emparé de l'artefact 45 sur lequel est inscrit 'Irina', mais il ne pourra pas l'ouvrir sans la clé. La CIA est d'ailleurs sur la piste d'une carte qui mènera à cette clé. Sydney apprend que la mystérieuse boîte de Rambaldi pourrait renfermer la trace d'une arme biologique capable de tuer des millions de gens ... Lauren est inquiète : pendant que Jack Bristow manifeste des soupçons quant à sa loyauté, Vaughn lui annonce que leur mariage est un échec ...

Le suicide du sénateur Reed et l'aveu de sa trahison innocentent Lauren. Mais Sydney et Jack demeurent perplexes ... Vaughn tente de se rapprocher de son épouse pour l'épauler suite à la mort de son père... En possession du coeur Di Regno, Bomani et Sark sont près de décrypter "Il Dire", la révélation qui mènera au "Passagé" ... Pendant ce temps, la CIA doit enrayer une une cyber-attaque terroriste provenant d'un serveur à Berlin. Le virus semble viser les bâtiments médicaux, les universités, les laboratoires et les hôpitaux ...

Dans 3 jours, Sloane sera donc exécuté. Mais sachant que ce dernier a eu une liaison Irina durant leur mariage, Jack refuse de pardonner à son vieil ami et de l'aider à prouver son innocence ... Au Népal, Sark kidnappe un disciple de Rambaldi susceptible d'avoir des informations capitales ... Après avoir découvert que son épouse est un traître, Vaughn, sur les conseils de la CIA, fait comme s'il ne savait rien afin de surveiller Lauren et d'en savoir plus sur le Covenant et le Passagé ...

Guère enthousiaste, Vaughn doit continuer à jouer double-jeu avec Lauren pour que la CIA puisse 'l'utiliser' ... Sloane explique à Jack et Sydney que d'après Rambaldi, si on injecte l'élixir au Passagé, celui-ci entrera dans un état second qui l'amènera à délivrer un message, message censé être la clé de l'objectif final de Rambaldi. Jack, Sydney et Sloane unissent alors leurs forces pour retrouver le Passagé ... Entretemps, Thomas Brill confie à Vaughn que son père était un disciple de Rambaldi et qu'il a sacrifié sa vie pour protéger la jeune fille que tout le monde recherche. Il demande alors au jeune homme d'empêcher cela d'arriver ...