Saison 3

Pendant un exposition sur l'Égypte Ancienne au British Museum, une anomalie est découverte dans un monument appelé la Cage du soleil et une créature nommée Pristichampsus, un crocodile préhistorique s'en échappe. Il sort du musée et sème la panique en ville.

5 ans plus tôt, dans une maison, trois jeunes viennent s'amuser. Ils sont attaqués par une créature puis disparaissent. De nos jours, au CRA, Cutter a réalisé un modèle 3D représentant toutes les anomalies connues à travers l'histoire, leur permettant de prédire où et quand les prochaines anomalies apparaîtront. Après un dernier calcul, ils prédisent la première. Jenny, Abby et Connor se rendent aux coordonnées indiquées par Cutter, il s'agit de la maison où les trois jeunes ont disparu. Il vont faire aussi la connaissance du Détective Danny Quinn. Ensemble, ils vont résoudre le mystère.

Dans un immeuble, Helen entraine ses hommes. Elle est satisfaite de voir qu'ils obéissent sans discuter. À cause d'Helen, tout le monde est sur ses gardes au centre. De plus, un journaliste va poser des problèmes. Au CRA, Connor a réalisé un appareil permettant de refermer les anomalies. Au même moment, une anomalie est détectée dans un hôpital. Cutter, Abby, Connor et Becker auront affaire à de petites créatures nommées "Diictodon", qui rongent tout sur leur passage. Pendant ce temps, Helen envahie le CRA, grâce à un clone de Nick Cutter. Réussiront-ils à s'en sortir, une fois encore?

Après la destruction du CRA et la mort de Nick Cutter, tout le monde a bien du mal à se remettre au travail. Les réparations du centre avancent bien et juste au moment où Connor termine de réparer le détecteur, une anomalie est repérée dans un bâtiment contrôlé par Christine Johnson. De retour au CRA, le détecteur repère une autre anomalie et ils se rendent sur place. Jenny et Connor vont faire confiance à un journaliste. Erreur fatale !

Connor et les deux Diictodon ont dormi au CRA. L'un d'eux, appelé Sid, s'est enfui et fait des bêtises. Au même moment, l'alarme d'intrusion se déclenche. Jenny, Becker et Connor se rendent dans le secteur 7 pour l'intercepter. Ils sont surpris de voir que ce n'est autre que Danny Quinn. Plus tard, une anomalie est détectée et ils doivent faire face à un champignon un peu spécial.

Alors que Sarah et Connor pensent avoir trouvé la signification de l'artefact, Danny et le capitaine Becker remarquent que des caméras de surveillance sont dispersées dans le CRA. Des soldats investissent le CRA pour récupérer le mystérieux objet. L'équipe décide de se mettre à l'abri dans une vieille maison abandonnée, mais elle est victime d'une attaque de Phorusrhacos...

Un Dracorex franchit une anomalie et se retrouve traqué par un chevalier du Moyen-Age, lui aussi sorti d'une anomalie. L'équipe va devoir maitriser le dinosaure et se débarrasser du chevalier.

L'équipe découvre une anomalie dans un hangar d'un circuit automobile, et est bientôt confrontée à un Insecte carnivore venu du futur. Jack, le frère d'Abby, complique la tâche de l'équipe en traversant l'anomalie pour échapper à un des monstres... l'équipe part en expédition dans le futur pour le sauver.

Une horde de Brontotheriums, rhinocéros préhistoriques franchit une anomalie. Pendant ce temps, Danny rencontre Eve, une mystérieuse femme apparemment venue du futur.

Helen, toujours plus folle, remonte le temps grâce aux anomalies pour exterminer les premiers hominidés, et donc la race humaine. L'équipe se lance à sa poursuite dans une folle course-poursuite contre et à travers le temps.