Saison 1

Dans l'espoir de mettre un terme à des années de règne d'une main de fer de la part de l'Alliance du Domaine de la Terre Unie à l'encontre des colonies, cinq pilotes et leurs Gundams sont envoyés sur la Terre pour commencer l'Opération Météore. Quatre d'entre eux atterrissent sans incidents, le dernier, Heero Yuy, est intercepté et sa mission semble compromise...

Malgré les menaces proférées à son encontre, Relena refuse de croire que Heero est aussi mauvais qu'il le semble. Néanmoins, sa tentative de contact avec lui est interrompue par l'intervention de Duo Maxwell.

Zechs Merquise et ses hommes d'Oz ont confirmé qu'au total cinq Gundams ont atterri sur la Terre, et sont à l'origine des attaques terroristes sur les installations militaires.

Zechs arrive à la base d'Oz à Victoria pour inspecter les troupes. Une fois arrivé, la base se retrouve attaquée par un des Gundams.

Relena et son père, le ministre Darlian, partent vers les colonies pour essayer d'empêcher la guerre. Mais ceux qui refusent d'entendre parler de paix lui préparent un piège. C'est à ce moment là que va être révélée à Relena sa véritable identité.

Après la mort de son père, Relena retourne sur Terre. Malgré les réserves de sa mère, elle refuse d'annuler sa fête d'anniversaire et décide malgré tout de l'organiser. Mais les festivités sont perturbées par les Forces Spéciales d'Oz qui veulent sa mort. Une aide inattendue va alors faire son apparition.

Les pilotes des Gundam organisent une attaque de la base New Edwards, où se réunissent l'état major des forces d'Oz. Mais ils ont sous-estimé Oz, et s'aperçoivent finalement qu'ils sont tombés dans un piège.

Cherchant à éliminer définitivement les Gundam, Lady Une déclenche le système d'autodestruction de la base New Edwards. Heero semble le seul à être capable d'empêcher la catastrophe de se produire, mais en aura-t-il le temps ?

L'Alliance du Domaine de la Terre Unie s'effondre, faisant entrer toute la planète dans la panique. Cela permet à Oz de prendre aisément le contrôle, mais Zechs est occupé par d'autres choses: il recherche les ruines du Royaume de Sanc.

Lady Une fait part à ses troupes de sa nouvelle stratégie pour éliminer les Gundam. Zechs et Heero sont amenés à se battre à nouveau, mais cette fois-ci le combat promet d'être plus rude car il s'agit de la confrontation entre Wing Gundam et Tallgeese.

Les Gundams ont subit un dure défaite et sont contraints d'abandonner les armes sous peine de voir les colonies qu'ils défendent détruites par les missiles d'Oz, et personne ne sait si Heero Yuy est mort ou vivant... Pendant ce temps, Relena a une piste sur de l'assassin de son père qui la mène à Moscou.

Les Gundams doivent se battre pour atteindre la paix. Wufei rencontre Sally Po sur le champs de bataille et lui révèle que les faibles ne devraient pas se battre. Bien qu'encore mentalement affaibli, Wufei décide de monter à nouveau à bord de Shenlong pour aller se battre.

Oz mobilise toute son attention sur l'espace. Dans l'espoir de pouvoir sauver les colonies, Trowa compte livrer sa dernière bataille, mais Catherine s'interpose entre le jeune pilote et sa volonté de disparaître au combat...

Dans l'espoir de réparer son erreur passée en détruisant la navette dans laquelle se trouvait le leader pacifiste Noventa, Heero décide d'aller à la rencontre de sa petite-fille Silvia Noventa et confie son destin entre ses mains. Pendant ce temps, Zechs reçoit des ordres de la fondation Romefeller.

La nature guerrière de Zechs désire avec ardeur un combat décisif. Noin invite donc Heero en Antarctique où Zechs l'attend avec impatience pour achever leur précédente confrontation, mais un autre parti en présence est sur le point de faire son apparition.

Au Pôle Sud, Zechs attend avec impatience sa nouvelle confrontation avec Heero qui pourra bénéficier de son Wing Gundam renouvellement reconstruit à cet effet par ses soins. Après l'arrivée de Heero sur les lieux, le combat débute mais est finalement interrompu par Relena qui veut les empêcher de se tuer.

Oz a la ferme intention de détruire une fois pour toute les forces militaires de l'Alliance. Pendant ce temps, Quatre et Duo font route pour l'espace afin de mettre en garde les colonies qu'ils défendent contre le danger imminent qui les menacent, mais il s'avère qu'à leur arrivée, tous les pilotes de Gundam sont déclarés ennemis des colonies.

Le combat opposant le Tallgeese et les Gundam prend finalement fin. A présent, Zechs refuse de se battre au profit de la fondation Romefeller.

Le Gundam Deathscythe combat seul les Armures Mobiles d'Oz dans l'espace, mais Duo se retrouve rapidement submergé par le nombre important d'ennemis qu'il a à combattre et finit par être vaincu et capturé. Une fois en détention, Heero part à sa recherche dans le but de le réduire au silence...

Oz est en train de développer de nouvelles Armures Mobiles conçues par les ingénieurs des Gundam. Heero accepte de s'infiltrer à l'intérieur de la base pour saboter leur projet afin d'empêcher leur finalisation, mais une fois sur place il fait une rencontre inattendue.