Saison 1

À l'exposition universelle de 1889, Jean, un adolescent surdoué, participe avec son oncle au concours de planeurs sur la Seine. Il rencontre Nadia, qui est poursuivie par l'extravagante Gladys et ses deux hommes de mains qui veulent s'emparer de la pierre bleue que porte la jeune fille.

Après avoir échappé à Gladys et à ses hommes de main, Nadia, Jean et Attila naviguent hors de Paris et commencent à longer la côte. Jean confirme qu'ils ont réussi à s'échapper mais Nadia semble perdue dans ses pensées. Jean lui demande alors : "Si tu pouvais t'envoler, où irais-tu ?". Nadia lui répond qu'elle voudrait retourner à l'endroit où elle est née.

Alors que la pluie tombe, Jean et Nadia se battent pour essayer de rejeter l'eau en dehors du cockpit de l'avion. Nadia remarque soudain une forme qui s'approche d'eux. C'est un navire de combat. Ils sont sauvés. Jean est tout sourire. Un homme d'équipage fait faire un tour du propriétaire à nos deux amis, mais Nadia ne semble pas partager l'enthousiasme de Jean pour tout ce matériel de guerre.

Jean et Nadia pêchent sur ce qui reste de l'avion de Jean. Soudain, ils remarquent une ombre qui s'est arrêtée juste en-dessous d'eux. La mer s'agite tout à coup et ce qui reste de l'avion est comme aspiré par le fond. Nadia et Jean se retrouvent donc dans l'eau et sont à leur tour entraînés vers le fond. Sans air, ils pensent que leur fin est proche et se laissent couler...

Après avoir quitté le Nautilus, Jean, Nadia et Attila se dirigent vers l'île qu'ils avaient tenté d'atteindre dans l'épisode précédent. Jean et Nadia sont heureux devant les améliorations faites à l'avion. Gladys, déjà présente dans l'île se demande si elle arrivera jamais à mettre la main sur Nadia et sur sa pierre quand tout à coup apparaît son vaisseau...

Jean repère le paysage qui l'entoure. Il veut à tout prix localiser la base secrète des soldats. Malheureusement, Marie se fait capturer par les soldats. Jean et Nadia décident de partir à sa recherche.

Nadia a été capturée par les soldats d'Argon. Ce dernier menace de tuer Marie et Attila si elle ne dit pas où se cache la pierre bleue. Mais Nadia tente courageusement de résister à la pression d'Argon...

Le capitaine Nemo a assisté à la réussite de la tour de Babel d'Argon. Ce dernier veut anéantir complètement le capitaine Nemo et son équipage. Nadia est encore sous le choc de cette incroyable énergie. Les soldats se rendent compte de la disparition des trois prisonniers.

Nadia, Jean et les autres sont recueillis par le Nautilus. "Catherine" le bateau est inopérant. Le Nautilus effectue aussi quelques réparations. Gladys tombe amoureuse de Nemo et décide de rester plus longtemps près de lui...

Nadia, Jean, Marie, Attila et les autres ont été recueillis par le Nautilus. Jean est contraint de changer de chambre avec Nadia. Argon repère le Nautilus. Pour éviter que les choses s'aggravent, Nemo préfère raser le fond des océans, mais Argon leur réserve une surprise...

Gladys, Caius et Titus font désormais partie de l'équipage du Nautilus. Les secrets du Nautilus ne peuvent toujours pas être révélés. Jean reste très curieux à ce sujet. Par hasard, Jean se retrouve au cœur du Nautilus et de ce fameux secret...

Caius en a marre de manger du poisson à tous les repas. Le capitaine Nemo organise une journée à terre. Jean et Nadia découvrent tout l'équipage qui se compose d'hommes de tous pays.

Au matin, Nadia est toujours en colère contre Jean car il a chassé un animal pour le manger. Personne n'a de temps à consacrer à Marie qui décide d'aller jouer. Celle-ci se perd et se retrouve nez à nez avec les hommes de Néo Atlantis.

Le Nautilus poursuit le sous-marin ennemi. Marie et Nadia sont atteintes de la fièvre tropicale, seule une algue se trouvant sur la grande faille peut les sauver. Cette faille se trouve dans la direction opposée au sous-marin ennemi.

Jean repère le vaisseau de Gladys. Le Nautilus se fait attaquer par des inconnus. Le vaisseau est sérieusement touché. Toutes les fois où il y a danger, la pierre bleue de Nadia s'illumine.

Nadia ne peut supporter l'idée que la pierre bleue puisse causer autant de morts. Elle souhaite s'en débarrasser. Le Nautilus perd trois membres lors de la bataille.

Tout l'équipage est en pleine séance d'éducation physique pour une remise en forme générale. C'est Electra qui mène la danse . Gladys s'est mise à l'écart et en profite pour se faire bronzer. Electra le remarque et lui ordonne de rejoindre le groupe. Gladys refuse.

Le capitaine Nemo envoie quelques hommes à terre pour prendre quelques informations. Il ne reste plus de pièces de rechange à bord du Nautilus. Ils doivent tous revenir à la base qui est en plein Pôle Sud.

Le Nautilus fait une escale dans une base secrète située au Pôle Sud afin d'effectuer quelques réparations et le ravitaillement du sous-marin.

Jean a décidé de construire un planeur équipé d'un lance-missile pour protéger le Nautilus de ses nombreux ennemis. Malheureusement, lors du premier test, il perd le contrôle de son engin...