Saison 2

Sergent Slaughter est capturé par Cobra Commander et passe par une série de sports de sang avec le prix étant d’assassiner Serpentor...

Il y a une bataille Joe / Cobra sur le canal de Suez quand un vaisseau spatial vole au-dessus et laisse tomber une bobine incandescente. Quand les équipes de Joe et Cobra sont envoyées pour enquêter, elles sont renvoyées en Grèce antique...

Cobra profite de la présence du général Hawk à une réunion de l’OTAN en Europe pour infiltrer les ordinateurs du ministère de la Défense et promouvoir Lifeline, Dial Tone et Shipwreck (qui n’est même pas dans l’armée) au rang de colonel. Les trois ne peuvent pas coopérer et ne sont pas tout à fait du matériel d’officier qui crée un chaos total au quartier général de G.I. Joe. Cobra capitalise sur la situation et attaque un laboratoire de recherche près de la base des Joes. Les Joes sont vaincus facilement et se replient sur Joe HQ. Hawk arrive à temps et organise une contre-offensive, repoussant Cobra.

Tous les Joe font un cauchemar avec un énorme serpent qui les attaque. Au début, ils pensent que c’est à cause du stress de la situation. Comme les cauchemars continuent, il commence à affecter la performance Joes combattant Cobra. En fait, Cobra contrôle les rêves des Joe dans un effort pour les désactiver...

Un groupe de Joe assiste au mariage de la sœur de Lifeline tandis que d’autres Joe sont dans un dépôt d’armes à proximité pour tester de nouvelles armures. Les Dreadnoks sont capables d’attacher de petits récepteurs à l’arrière du cou des Joes et de capturer Roadblock. Le Dr. Mindbender utilise un organe pour envoyer des signaux aux récepteurs qui contrôlent les émotions de Joes...

Wet Suit, Leatherneck, Dial Tone et leurs dates assistent à l’ouverture d’une nouvelle boîte de nuit tendance. Le club s’avère être sur une fusée Cobra et est envoyé en orbite autour de la terre. Serpentor exige que le Dr. Mullaney se rende à Cobra avec son moteur à carburant azoté ou ils feront exploser le club. La combinaison humide sort du club et, avec l’aide de Leatherneck, désactive les bombes. Pendant ce temps, le Dr. Mullaney se rend à Cobra. Les Joe utilisent le moteur Nitrogen pour ramener le Club sur Terre et le Dr. Mullaney s’échappe, lorsque tous les jets Cobra avec les nouveaux moteurs s’écrasent grâce au carburant Nitrogen instable, transformant tous les jets Cobra en bombes incendiaires.

Lady Jaye et Hawk sont sur l’émission télévisée Twenty Questions débattant avec Cobra Comm, Serpentor et Dr. Mindbender si oui ou non Cobra a abattu un prototype de jet, le Ghost. Pendant ce temps, les forces de Joe et de Cobra cherchent les deux pilotes qui ont éjecté...

Cobra Commander tente de communiquer avec la créature dans la fosse de la maison ancestrale de Destro en Écosse et échoue. Pendant ce temps, Dial Tone est libéré des Joe et est embauché pour travailler sur un projet de communication qui s’avère être en communication avec la créature. Flint est envoyé pour espionner Dial Tone déguisé. Dial Tone fait fonctionner la machine et Cobra Commander lui dit de détruire Serpentor... (le "chant ancien" de Destro est un discours inversé, révélant un message humoristique qui se moque du problème de masquage arrière pertinent à l’époque lorsqu’il est joué en sens inverse.)

Slipstream dans sa conquête intercepte un message Cobra, qui contient un code de commandement important. Un escadron de Night Raven sont envoyés après lui. Lui et l’un des Night Ravens s’écrasent sur une île reculée de la base de Cobra. La Stratoviper, une dame nommée Raven, est blessée et peu amicale vers Slipstream. Mais quand les BAT atterrissent sur l’île et commencent à tirer sur les deux, ils sont obligés de faire équipe et d’entrer dans la base abandonnée de Cobra, avec le Docteur Mindbender qui regarde...

Les Joe sont très ennuyés par la musique country de Cross Country et sont heureux lorsque son magnétophone est détruit lors d’une bataille Cobra. Lorsque son nouveau magnétophone est volé au QG, il a l’intention de découvrir ce qui se passe et pose un piège. Il repère un rat robotique qui vole le magnétophone et le suit à une réunion Cobra de la Bobine, un groupe contre Serpentor dirigé par Cobra Commander...