Saison 1

Ran, Sonoko, Conan et Kogoro viennent encourager l'équipe de base-ball du lycée Beika. Peu après le match, le drapeau du tournoi est retrouvé en lambeaux dans le bureau du Président. Tout porte à croire qu'un étranger se serait introduit dans les lieux. Comme le drapeau a été lacéré, l'équipe perd le droit de participer à la suite de la compétition...

Un groupe de rock se réunit pour un karaoké. Le chanteur du groupe meurt de façon soudaine et inexpliquée, à la suite de la consommation d'un snack.

Une femme se présente à l'agence de Kogoro et enlève Conan en prétendant être sa véritable mère.

La voiture du PDG du groupe Hotta tombe en panne sur la route. Kogoro s'arrête et lui propose de l'emmener dans son propre véhicule. En guise de remerciement le PDG invite donc Kogoro, Ran et Conan à rester pour son dîner d'anniversaire.

Une femme portant un masque de soin du visage est assassinée à son domicile, peu après la visite d'agents de sécurité. Trois suspects se démarquent.

Ran, Kogoro et Conan sont dans une station de ski. Ils passent leur soirée avec un groupe de médecins, lorsque l'un d'eux est retrouvé ligoté et assassiné.

Ran, Kogoro et Conan font de l'exercice dans un complexe sportif. Le soir même, ils reçoivent un appel de la police, leur indiquant qu'un des meilleurs nageurs du complexe a été retrouvé sans vie.

Une femme vient à l'agence demander de l'aide au détective Kogoro. Sur place se trouve déjà un autre jeune homme, également détective et rival de Conan.

Conan, qui se sentait souffrant et qui a préféré garder le lit, disparaît. Ran, qui s'inquiète, le cherche partout...

Les détectives junior enquêtent à la bibliothèque.

Ran et Conan accompagnent Kogoro au club de golf. Ce dernier s'entraîne à côté d'autres golfeurs lorsqu'une explosion retentit.

Ran, Kogoro et Conan prennent une journée de repos en montagne, pour y admirer les fleurs de cerisiers. Sous la pluie, après une double crevaison, ils sont contraints de se réfugier dans un monastère pour y passer la nuit. Au lendemain matin, une personne est retrouvée pendue.

En promenade en ville Ran, Kogoro et Conan entendent le cri d'une femme provenant d'un immeuble voisin. A leur arrivée, la femme les emmène dans son appartement, où gît le cadavre de son mari.

Kogoro emmène Conan et Ran à une convention sur les jeux vidéo. Une explosion se produit dans les WC. La victime présumée est un homme ressemblant à ceux qui ont empoisonné Conan.

A bord d'un train, un passager, membre d'un groupe de médecins en voyage, est retrouvé mort. Son portefeuille lui a été dérobé, mais Conan doute que l'argent soit le mobile réel.

Un homme est écrasé par une poutre tombée du haut d'un immeuble. Cet accident semble avoir été orchestré de l'immeuble adjacent.

Conan prend part à une activité réunissant plusieurs fans de Sherlock Holmes. Ran et Kogoro y sont également, même si ce dernier n'apprécie guère. L'organisateur de l'événement est absent de la soirée quiz. Il est ensuite vu au volant de sa voiture, qui roule lentement vers la falaise et s'écrase.

Au cours de l'enquête, Hattori Heiji commence à avoir des suspicions sur l'identité véritable de Conan.

Les détectives junior suivent un enfant qui fait ses courses. Il manque de se faire percuter par une voiture. Il disparaît peu après au détour d'une rue.

Ran et Conan accompagnent Kogoro à une interview, pour une entreprise de design qui désire publier un ouvrage contenant des dessins de scènes de crime. Une illustratrice qui habite un logement faisant face à l'entreprise, dit vouloir se suicider. L'instant d'après, tous la voient tomber du balcon.