Saison 2

Le commandant Trip Tucker, le lieutenant Malcolm Reed et Travis Mayweather partent récupérer trois géologues dénobuliens expulsés d'une planète à la suite d'un coup d'Etat. Mais les scientifiques ne veulent pas partir et abandonner ainsi leurs recherches, le fruit de nombreuses et longues années de travail. Parallèlement, les membres de l'équipage doivent porter secours à des blessés Antarans et les transportent à bord du vaisseau. Malheureusement, certains d'entre eux refusent les soins du docteur Phlox et s'exposent ainsi à de terribles dangers...

L'équipage de l'Enterprise entre en contact avec les Vissians, une espèce qui comprend trois genres. Trip rencontre l'un d'entre eux, celui des co-géniteur. Il se rend compte alors que ceux-ci sont traités très durement par les Vissians...

Des scientifiques découvrent dans le cercle arctique les restes d'une sphère borg, celle de First Contact, et, en s'intéressant d'un peu trop près à la nanotechnologie régénératrice, encore inconnue sur Terre, ils se font assimiler un par un. Les Borgs réveillés repartent alors dans l'espace et assimilent un autre vaisseau. L'Enterprise, alerté par la Terre, les intercepte mais c'est Phlox qui se fait alors assimiler. Il faut trouver une solution au plus vite...

En explorant une nébuleuse sombre, Archer reçoit la nouvelle de la mort de son vieux rival du programme spatial Robinson. Il raconte alors à T'Pol les événements entourant les premiers tests du moteur à distorsion 2 et la course à celui qui franchirait le premier la barrière de distorsion 2. Quand le vol d'essai échoua et que le vaisseau fut détruit, Archer et le jeune Trip Tucker, qui travaillait sur le projet, refirent un nouveau vol d'essai en lançant le NX-Beta sans l'aval de Starfleet...

Alors qu'il semblait a priori inoffensif, Skalaar, un chasseur de primes qui travaille pour les Klingons, kidnappe le capitaine Archer et met en péril l'Enterprise en sabotant les circuits du vaisseau. Skalaar fomente le projet de rencontrer Goroth afin de demander une importante rançon pour libérer Archer. Mais l'équipage a tôt fait de réparer l'Enterprise et il se met aussitôt en route pour retrouver Archer au plus vite. De son côté, Skalaar est à son tour victime d'un autre chasseur de primes...

Le chancelier Klingon laisse à Duras une dernière chance de récupérer Archer. L'Enterprise est attaqué mais parvient à échapper aux griffes des Klingons, grâce à l'intervention de renforts envoyés par Starfleet. De retour sur Terre, l'équipage découvre que la planète a été sauvagement attaquée...