Saison 6

Orochimaru jubile : toutes ses souffrances vont bientôt aboutir à sa réincarnation dans le corps de Sasuke, qu'il convoite depuis si longtemps. Mais Sasuke a une vengeance à accomplir, et il ne laissera pas Orochimaru se mettre en travers de son chemin.

Après un long flash-back d'Orochimaru grâce auquel on comprend pourquoi il convoite tant le Sharingan, Orochimaru décide d'entamer le rituel de sa réincarnation, mais Sasuke le fait perdre à son propre jeu en l'enfermant dans son corps. Au loin Anko, Naruto, Tsunade, Jiraya et puis Itachi ressentent la disparition du Sannin.

Après avoir tué Orochimaru, Sasuke délivre Suigetsu Hôzuki de sa prison d'eau. Tous deux se rendent au Pays des Vagues pour prendre l'épée du défunt Zabuza. Mais arrivé là-bas, il n'y a plus d'épée. Un habitant leur apprend que l'épée a été prise par un homme nommé Tenzen Daikoku. Ils se rendent dans son palais et éliminent les soldats. Suigetsu prend l'épée et tue Tenzen. Sasuke et Suigetsu se dirigent vers la prison de fer afin d'intégrer Karin à leur équipe.

Sasuke et Suigetsu arrivent au repaire Sud pour enjoindre Karin, ancienne collaboratrice d'Orochimaru, à se joindre à eux. En effet, celle-ci a une capacité spéciale qui intéresse beaucoup Sasuke. Après avoir refusé une première fois, Karin se rend compte qu'elle est attirée par Sasuke et prétexte une affaire à régler au repaire Nord pour pouvoir les suivre, malgré son antipathie non masquée envers Suigetsu. Après avoir libéré les prisonniers, ils partent aller chercher le dernier membre de l'équipe au repaire Nord : Jûgo.

Karin explique à ses deux compagnons pourquoi le repaire Nord est si dangereux et redouté. C'est là qu'Orochimaru menait ses expériences sur les sujets les plus dangereux. Elle explique que Jûgo est le porteur original des enzymes utilisées pour créer le sceau maudit, habilité qui le rend fou furieux lorsqu'il fait des crises. En arrivant, ils sont attaqués par de nombreux prisonniers au stade 2 de la marque maudite dont ils se défont rapidement. Sasuke libère alors Jûgo qui l'attaque immédiatement pour le tuer ; il lui dit vouloir juste parler. Pendant ce temps, Naruto et Sakura sont mis au courant de la mort d'Orochimaru et de la volonté de Sasuke de continuer à poursuivre son but sans revenir à Konoha.

Après avoir appris que son ami Kimimaro, le seul pouvant le contenir durant ses crises, est mort pour Sasuke, Jûgo accepte de suivre ce dernier et ses compagnons. Sasuke lui promet de l'aider à maîtriser ses pulsions et de le rendre libre. Sasuke annonce à son équipe son but : tuer Itachi. Il nomme le groupe Hebi (qui signifie serpent). Pendant ce temps, Naruto et Sakura font pression pour partir à la recherche d'Itachi afin de retrouver la trace de Sasuke.

L'histoire se passe 10 ans auparavant, lors de la 3e grande guerre du monde ninja. Kakashi est un jeune homme tout juste promu jōnin qui fait équipe avec ses compagnons Lin et Obito sous les ordres de Minato Namikaze, futur 4e Hokage. Du fait du manque d'effectif, Kakashi est amené à mener ses compagnons sur une mission difficile. Juste avant de se séparer de leur sensei requis pour une autre mission, ils rencontrent un éclaireur ennemi, sur lequel Kakashi teste sa toute nouvelle technique, les Mille oiseaux, mais il manque de se faire tuer. Minato le sauve et tue le ninja ennemi, lui demandant de ne pas utiliser cette technique qui l'aveugle et l'empêche de voir les mouvements ennemis. La nuit qui suit, Minato explique à Obito comment le père de Kakashi, un ninja de génie, s'est suicidé des suites d'une disgrâce parce qu'il n'avait pas suivi la règle faisant passer la réussite de la mission avant la vie de ses coéquipiers. C'est pourquoi Kakashi est si attaché aux règles et si dur avec Obito. Le lendemain, Lin est enlevée par les ninjas ennemis et Kakashi décide de poursuivre la mission sans elle. Furieux, Obito part chercher Lin seul.

Obito retrouve Lin mais se fait attaquer brusquement par un ennemi capable de se rendre invisible. Kakashi qui a changé d'avis arrive et le protège, mais perd son œil gauche en prenant le coup d'épée à la place Obito. Tout à coup, le jeune Uchiwa éveille son Sharingan et tue l'ennemi qu'il est maintenant capable de détecter. Ils se précipitent dans la grotte où Lin est maintenue sous l'influence d'un genjutsu et affrontent le dernier ninja ennemi quand soudainement, celui-ci fait s'effondrer la grotte. Lin et Kakashi évitent les roches qui tombent, mais Obito se fait écraser. À l'article de la mort, il demande à Lin de greffer son Sharingan à Kakashi pour devenir son œil et remplacer celui qu'il a perdu. Avec le Sharingan qui lui permet d'anticiper les mouvements ennemis, les Mille oiseaux de Kakashi est enfin une technique complète. Il s'en sert pour supprimer l'ennemi toujours dans les parages et s'apprête à s'enfuir avec Lin quand de nombreux renforts ennemis arrivent. En se servant du kunaï spécial que son sensei lui a offert, Kakashi invoque ce dernier sans le savoir juste avant de s'évanouir. Quand il se réveille, tous les ennemis sont morts et la mission est terminée ; son sensei le veille et Lin regarde les étoiles.

Kisame et Itachi se dirigent vers une des caches d'Akatsuki avec le jinchūriki de Yonbi tout juste vaincu par Kisame. Pain convoque Akatsuki et leur apprend la mort d'Orochimaru tué par Sasuke. Ils décident de sceller Sanbi et Yonbi, avant de s'occuper de Sasuke et de son équipe, chose que Deidara tient à faire particulièrement. Pendant ce temps, l'équipe Hebi se dirige vers une cache d'armes des Uchiwa pour s'approvisionner et sont accueillis par les chats de la cité abandonnée et leur maîtresse. Kakashi rassemble Naruto, Sakura, Saï, Yamato et les trois jeunes chūnin de l'équipe Kurenaï, Hinata, Kiba et Shino, afin de partir à la recherche d'Itachi.

Pendant que Naruto et les autres partent avec les chiens ninjas de Kakashi, Hebi s'éparpille pour rechercher des informations sur Itachi. Sakura passe à côté de Karin alors que Hinata, Yamato et Naruto rencontrent Kabuto qui leur donne un livre avec des informations sur l'Akatsuki. Il révèle alors qu'il a transplanté une partie du corps d'Orochimaru en lui. Ailleurs, Sasuke est confronté par Tobi etDeidara et se prépare à livrer bataille contre eux.

Sasuke attaque Tobi et Deidara, cherchant à obtenir des informations sur Itachi. Deidara réplique avec ses techniques explosives C1. Devant l'aisance de Sasuke à éviter les explosions, Deidara utilise l'une de ses créations, le dragon C2, en travaillant avec Tobi pour créer un champ de mine. Sasuke déjoue leurs plans et Deidara n'a d'autres choix que d'utiliser sa carte maîtresse qui était destinée à Itachi, le Garuda C4.

Comme le Garuda C4 de Deidara détone, Sasuke périt. Convaincu d'avoir gagné, Deidara baisse sa garde et se fait percer par le Chidori de Sasuke. Après avoir été demandé comment il avait survécu, Sasuke révèle qu'il n'a jamais été blessé et que Deidara était sous son Genjutsu. Deidara tente de tuer Sasuke, mais il est induit en erreur par son Sharingan à nouveau. Épuisé par le combat, Sasuke désactive son Sharingan. Furieux d'être moqué, Deidara dévoile son attaque finale, en utilisant une bombe de vie et se fait exploser dans cette tentative pour tuer Sasuke. Tandis que Sasuke va disparaître.

Après avoir remarqué l'explosion, Suigetsu invoque Manda. Il découvre ensuite que Sasuke s'était servi de lui pour échapper à l'explosion. Incapable de survivre, Manda meurt de ses blessures et Zetsu informe les membres restants de la mort de Sasuke, Deidara et Tobi. Naruto et les autres se rendent au cratère, et en utilisant les compétences de Kiba, ils commencent à traquer les odeurs de Sasuke. Ailleurs, le chef de l'Akatsuki, Pain et sa partenaire, Konan, reçoivent l'ordre de capturer Kyûbi par un homme mystérieux.

Konoha poursuit toujours Sasuke et son groupe. Pendant que Naruto discute avec Itachi, Jiraya annonce à Tsunade qu'il a débusqué le leader de l'Akatuski et qu'il compte le capturer. Après quelques souvenirs nostalgiques et quelques verres, Jiraya finit par aller en direction d'Ame, le village caché de la Pluie, où le leader de l'Akatsuki se cache.

C'est l'histoire de la jeunesse de Jiraya, à la recherche de sa destinée : sa découverte du Mont Myôboku, ses voyages, sa formation avec le 3e Hokage et ses condisciples Orochimaru et Tsunade et sa vie durant la 3e grande guerre ninja.

C'est l'histoire de Jiraya en mission au village de la Pluie avec Orochimaru et Tsunade où ils furent nommés les Sannin légendaires de Konoha par Hanzô la Salamandre. Ils y rencontrent trois orphelins tentant de survivre, que Jiraya reste entraîner durant 3 ans ; il découvre alors sur l'un d'eux, Nagato, un dōjutsu légendaire : le rinnegan. Quelques années après son retour à Konoha, la guerre fait toujours rage et Jiraya apprend la mort de ses anciens élèves. Déçu, mais toujours à la recherche de sa destinée, il forme Minato Namikaze qui deviendra le 4e Hokage et conduira Konoha à la victoire lors de la 3e grande guerre ninja. Lorsque Minato lit « La légende d'un fougueux ninja », premier livre de Jiraya, il admire la ténacité du héros qui lui rappelle son sensei, et décide de donner à son futur enfant le nom de ce héros : Naruto, faisant de Jiraya le parrain de ce dernier.

Jiraya arrive à Ame et décide d'enlever deux ninjas pour avoir des renseignements sur Pain.

Jiraya continue l'interrogatoire du ninja d’Ame afin d'en savoir plus sur leur leader Pain, chef de l’Akatsuki. Ne pouvant plus rien tirer de sa victime, il régurgite Gerotora le crapaud gardien de la clé du sceau de Naruto au cas où quelque chose lui arrive. Jiraya a la prémonition que Madara Uchiwa est toujours vivant et que c’est lui qui a utilisé Kyûbi pour détruire Konoha seize années auparavant. Pendant ce temps, Naruto retrouve la trace de Sasuke grâce à ses clones et se lance à sa poursuite avec ses compagnons. Jiraya se camoufle dans l’ombre du ninja d’Ame et le contrôle pour partir à la recherche de Pain, mais est repéré par Konan qui le reconnaît et avertit Pain avant de partir pour l’attaquer ; Jiraya reconnaît son ancienne élève et la félicite pour ses techniques. Prenant l’apparence d’un ange, Konan attaque à nouveau ; après l’avoir contrée, Jiraya se remémore ses trois élèves qu’il pensait morts, Konan, Nagato et Yahiko, des orphelins de guerre rencontrés au Pays de la Pluie à qui il a enseigné le ninjutsu. À l’occasion d’un accident, Jiraya avait découvert que Nagato possédait le Rinnegan. Chikushodô, le corps de Pain qui utilise les invocations arrive et Jiraya reconnaît le Rinnegan dans ses yeux, sans reconnaître pour autant le physique de Nagato. Chikushodô attaque Jiraya avec un crabe géant crachant des bulles ; ce dernier s’en défait, bloque son adversaire et l’interroge. Il s’aperçoit que Pain se prend pour une divinité et que son but est d’établir la paix par la souffrance en créant une arme ultime avec les démons à queues et en la prêtant aux grands pays, et tente alors de le tuer, mais Chikushodô utilise une substitution pour s’échapper, invoque un caméléon géant pouvant devenir invisible par mimétisme et se cache dans sa bouche ; Jiraya invoque Gamaken afin de gagner du temps pour passer en « mode ermite ».

Alors qu’il doit faire face à diverses invocations géantes, Jiraya se demande pourquoi Nagato, capable d’utiliser les six formes élémentaires de chakra et de maîtrise toutes les techniques n’utilise que les invocations. Il parvient finalement à passer en mode ermite et à invoquer Fukasaku et Shima. Jiraya explique la situation aux deux grands ermites du Mont Myôboku ; Shima repère le caméléon et l’attrape, tandis que Fukusaku le coupe en deux. Jiraya se remémore la prophétie que lui a faite l’Oogama Sennin dans sa jeunesse : un de ses élèves sera l’enfant destiné à établir la paix dans le monde et Jiraya devra le guider dans cette voie, ayant à faire un jour un choix difficile ; il se demande si Nagato est cet élu et si l’heure de son choix est venue. Chikûshodo invoque Ningendô et Gakidô ; tous deux ont également le Rinnegan…

Jiraya et les deux crapauds s’aperçoivent que Gakidô est capable d’absorber tous les ninjutsu et que les trois corps partagent leur vision, l’utilisant pour parer les coups de taijutsu ; s’interrogeant sur le secret de Pain et cherchant une stratégie, ils se retranchent dans les tuyaux ; dans l’impossibilité d’utiliser le ninjutsu et le taijutsu, les crapauds décident d’utiliser un chant de crapaud faisant office de genjutsu puissant. Pour lui laisser le temps d’agir, Jiraya attaque frontalement les trois corps qui finissent piégés dans l’illusion et les transperce. Pensant avoir vaincu son adversaire, Jiraya se retourne, mais subit une attaque par derrière qui lui arrache le bras gauche ; il fait maintenant face aux six corps de Pain.