Saison 3

Alors qu'Audrey a été enlevée, Duke et Nathan interrompent leur règlement de compte pour sauver leur amie. Pendant ce temps, d'étranges phénomènes se produisent en ville : des objets métalliques s’envolent, des extra-terrestres font leur apparition, etc. mais rien ne semble relier ces événements entre eux. Toutefois, un affecté est derrière toute cette histoire. En parallèle, Audrey est détenue dans une cave sombre et lugubre.

Quand un homme nu entre dans une épicerie et commence à manger de la nourriture sans payer, le commerçant appelle Audrey et Nathan. Lorsqu'ils arrivent sur place, l’homme devient violent et tue le commerçant. Peu après, alors qu'Audrey travaille sur un dossier, une psychiatre arrive dans son bureau et lui annonce qu'elle a besoin d'un suivi personnel en raison de l'enlèvement qu'elle a subi. Un peu plus tard dans la journée, Nathan et Audrey reçoivent un appel venant de la ferme du « massif de roche » qui leur signale la présence d’un autre homme sauvage. Ils se rendent sur place et découvrent une bonne dizaine d'hommes nus dormant dans une grange. La suite de l'enquête les conduit à un chenil dont tous les chiens ont mystérieusement disparu...

Une joggeuse trouve son fiancé mort dans les bois de la ville, avec ses poumons posés à côté de lui. La police mène une enquête. Nathan et Audrey soupçonnent qu'un perturbé est responsable de cette acte. Alors que Nathan essaye d’interroger la femme du mort, il découvre qu'un inspecteur venu de Boston nommé Tommy l’a déjà questionnée. Nathan et Audrey finissent par le trouver sur les lieux d’un autre vol d’organe. Nathan fait connaissance avec Tommy et lui propose de rejoindre la police d'Haven. Celui-ci refuse l'offre.

Alors que Tommy Bowen rejoint la police de Haven, l’homme qui a enlevé Audrey s’attaque à une femme devant un distributeur de la ville. Néanmoins, ce dernier a été filmé sans le savoir. Nathan s'aperçoit que son bras est tatoué, exactement le même que le sien. Nathan décide de découvrir ce que le tatouage signifie réellement. Pendant ce temps, une femme se fait dévorer dans une piscine de la ville. À la suite d'une idée du Dr Callahan, Audrey essaie de se faire hypnotiser pour se rappeler des éléments de son passé et mieux comprendre ce qui lui est arrivée quand elle était Lucy.

Une femme avec une robe blanche arrache les yeux d'un pervers, cette même femme raye la voiture de Duke alors que celui-ci était en train de sortir du tribunal d'Haven. Audrey invite Duke à passer la nuit chez elle afin de mieux le protéger au cas où cette femme s'en prendrait encore à lui. Cela n'empêche pas cette dernière de venir dans l'appartement d'Audrey et bien qu'elle la tue une première fois, la femme revient à la vie. Pendant ce temps, Nathan en apprend un peu plus sur le groupe de personnes possédant le fameux tatouage. Plus tard, grâce à Vince et Dave, ils apprennent que la Dame blanche est un Golem agissant comme le « bras de la justice » et qu'elle sert à une personne en ville souhaitant faire justice. Audrey, Duke et Nathan partent à la recherche de cette personne.

Lors d'Halloween, un couple d’adolescents décide d’aller dans une vieille maison pour être tranquille un peu. Mais soudainement, des phénomènes surnaturels se déroulent. La jeune fille finit par s’échapper sans son ami. Cette fille trouve Audrey, Duke et Dr Callahan qui sont en train de fêter Halloween dans les bureaux du Haven Herald. Tous les trois suivent Tina jusqu'à la maison en question. Quand tous arrivent à la maison abandonnée, ils trouvent le copain de Tina mort. C'est alors qu'Audrey, a des visions de Lucy Ripley et du Colorado Kid ; Lucy est déjà venue dans la maison. Puis, Nathan, Tommy et Jordan arrivent dans la maison mais quand tout le monde veut sortir de cette maison, la sortie a disparu et toutes les pièces semblent changées.

Audrey et Duke partent dans le Colorado pour trouver des éléments de réponses au sujet de James Cogan qui se trouve être le Colorado Kid. Sur place, Audrey découvre qu'il est son fils. Pendant ce temps, à Haven, Nathan et Tommy enquête sur des ressurections mystérieuses de personnes fraîchement décédées. Nathan commence à avoir des doutes sur les motivations de Tommy quand il découvre l'arme qui a tué les femmes depuis l'enlèvement d'Audrey. Lorsqu'ils s'apprêtent à arrêter Moira, la responsable du phénomène qui ramène les morts à la vie, Tommy tue Nathan. Audrey et Duke arrivent au même moment sur les lieux impuissant face à ce qui vient de se passer.

Audrey prend le corps de Nathan dans ses bras. Tommy met l'histoire de la fusillade sur le dos de Noelle. Audrey et Duke réalisent que Noelle est la seule chance pour Nathan de revenir à la vie, ils décident de partir à sa recherche, Tommy les suit pour ne pas semer le doute. Tommy finit par trouver Noelle d’abord et l’étouffe avec un oreiller. Nathan finit par être sauvé à cause du sacrifice de Moira. Audrey et Duke apprennent la vérité sur Tommy et partent l'arrêter alors que celui-ci a pris Vince et Dave en otages. Alors qu'il essaye de fuir en bateau, Tommy meurt dans l'explosion de son bateau.

En feuilletant le journal de son grand-père, Duke trouve un écrit disant que Sarah l’a tué en 1955 et découvre qu'une personne citée dans le journal est toujours vivante et réside toujours à Haven. Duke décide d'aller voir cette personne et en s’approchant de lui, l'homme est apeuré et l’envoie en 1955 à l'époque où son grand-père est mort. En 1955, Duke va dans le bar de la ville de l'époque lorsqu'une bagarre fait rage. Duke sauve la vie du barman qui n'est autre que son grand-père mais Duke est finalement arrêté car il ressemble à un étranger. Quand il est libéré, il décide de trouver le M. Mosley de cette époque pour rentrer en 2012. En 2012, Haven a changé à cause du voyage du Duke dans le passé. Une sorte de réalité parallèle semble s'être installée mais Audrey est la seule à se rappeler du vrai Haven. Audrey découvre que dans cette version d'Haven, Vince a tué Dave quinze ans plus tôt et le Haven Herald n'existe plus. Audrey obtient un message de Duke venant de 1955, avec Nathan, ils vont à leur tour chez M. Mosley. Ce dernier est vexé et envoie Nathan dans le passé pour rejoindre Duke en 1955. Haven continue de changer de plus en plus, Audrey trouve le père de Nathan, toujours en vie mais il n'est plus le chef de la police de la ville.

Nathan et Audrey découvrent un autre cadavre tué avec le pistolet d'abattage, ils se demandent si Tommy a pu échapper à l'explosion de son bateau quelques semaines plus tôt. À la suite des analyses, Audrey découvre que le cadavre en question est Tommy et qu'il a été tué deux mois plus tôt. Après quelques réflexion à ce sujet, Nathan et Audrey s'aperçoivent qu'un imposteur avait pris la place de Tommy et qu'il pourrait toujours être en vie. Pendant ce temps, une camionnette qui sert à la Garde pour transporter les « perturbés » est retrouvé abandonné sur une route. Ginger, une petite fille, est retrouvée à côté de la camionette, son père et un inconnu sont portés disparus. Nathan rend visite à Jordan, mais elle dit ne pas avoir connaissance de ce qui s'est passé avec la camionette. Une fois Nathan parti, elle va dans un local du restaurant ou elle travaille et retrouve le conducteur de la camionette qu'elle a caché. De leur côté, Audrey et Claire essaie de parler à Ginger, Duke arrive au même moment et devient anormalement très proche de la petite fille. Lorsque Duke se retrouve seul avec Ginger, celle-ci commence à lui réclamer une glace. Alors que Duke se dispute avec le vendeur, celle-ci disparaît mais Duke la retrouve. Audrey découvre que Jordan a menti et celle-ci essaye même d'enlever la petite fille. Tous découvrent que Ginger a le don de faire faire ce qu'elle veut à autrui. Plus tard, Nathan, Duke et Audrey utilisent Ginger pour faire connaître la vérité sur les intentions de la Garde et Jordan dit qu'Audrey doit entrer dans la grange et qu'une fois à l'intérieur elle disparaîtra avec cette grange et les phénomènes s'arrêteront.

Lorsqu'elle se réveille, Audrey trouve la ville de Haven étrangement déserte. Tous ses habitants sont, en effet, profondément endormis, comme dans un coma. Elle n'a aucune alternative que de travailler avec l'unique personne encore réveillée mais celle-ci souffre d'amnésie... Arrivera-t-elle à parler à Nathan de ce qu'elle ressent ?

Le lycée de Haven est le théatre d'une série d'étranges meurtres. Lorsque Nathan et Duke retournent dans leur ancienne école pour aider Audrey à trouver le responsable, de vieux souvenirs remontent à la surface.

Audrey, Nathan et Duke doivent faire face à de terribles vérités et prendre une décision tragique qui changera la petite ville de Haven à tout jamais.