Saison 1

Un jeune garçon arrive à Londres : il a les cheveux blancs et une étrange cicatrice sur le côté gauche de son visage. Ce garçon, c’est Allen Walker et il se rend au quartier général des Exorcistes.

Allen arrive enfin devant le chateau de l'Ordre de l'Ombre, QG des exorcistes. Mais il se voit refoulé par le Gardien qui décrète qu'il est un Akuma et il se voit contraint d'affronter un autre exorciste du nom de Kanda.

Komui envoie Allen sur sa première mission en compagnie de Kanda. Ils doivent récupérer un fragment d'Innocence dans une ville abandonnée d'Italie, Mater. Mais les Akuma sont déjà sur place.

Allen se trouve en difficulté face à l'Akuma qui a évolué au niveau 2 lui donnant la capacité de prendre l'apparence de n'importe quel autre être humain. Pendant ce temps, Kanda s'occupe de Guzol et du fantôme de la ville qui abrite le fragment d'Innocence.

Kanda et Allen se sont réfugiés dans le sous-sol de la ville avec Lala et Guzol où ils apprennent enfin la vérité. C'est alors que l'Akuma les retrouve et que s'engage la bataille finale pour la possession de l'Innocence.

Sur le chemin du QG, Allen rencontre un jeune garçon, Jean, fils de l'un des scientifiques de l'Ordre qui patrouille à la recherche d'Akuma.

Alors qu'il affronte le Comte, Allen dévoile une partie de son passé.

Komurin II, le robot mis au point par Komui pour aider l'équipe scientifique, devient incontrôlable. C'est à Allen et aux scientifiques de trouver un moyen de le neutraliser avant qu'il ne réduise le QG de l'Ordre en cendre.

Allen, accompagné de Lenalee, est envoyé dans une ville allemande qui revit sans arrêt la même journée ce qui prouverait la présence d'un fragment d'Innocence.

Allen et Lenalee cherchent à comprendre pourquoi seule Miranda Lotto revit la journée et s'en rend compte. Mais les choses se compliquent lorsqu'ils sont tous les trois capturer par une certaine Road Kamelot qui peut commander les Akuma.

Allen découvre que Road est une humaine travaillant pour le Comte Millénaire. Il engage le combat afin de libérer Miranda et Lenalee mais est grièvement blessé...

Miranda a réussi à activer son Innoncence qui permet à Allen et Lenalee de se soigner. Tous deux continuent à se battre contre Road.

En compagnie de Lavi, Allen, incapable d'utiliser son oeil gauche blessé sort en ville et découvre ce que signifie être un exorciste normal et la raison d'être de leur manteau.

Allen est envoyé en mission avec Kanda, Lavi et Bookman pour enquêter sur une ville souffrant de dérèglement climatique provoquant une alternance entre tempêtes de neige et vents chauds.

Allen, Lavi et Kanda découvrent la raison des dérèglements du climat : un fragment d'Innocence dissimulé dans un arbre.

Komui envoie Lenalee et Allen à Rome sur les traces de Kenda qui n'a pas donné signe de vie depuis un certain temps alors qu'il recherchait un fragment d'Innocence.

Allen et Lenalee ont retrouvé Kanda qui affronte un guerrier millénaire qu'il doit absolument battre pour récupérer le fragment d'Innocence.

Apercevoir Lenalee avec Russell et apprendre qu'ils doivent aller en ville ensemble rend Komui fou. Ce dernier décide de saborder la sortie de sa soeur à l'aide d'un nouveau Komurin. L'équipe des scientifiques, Allen et Lavi font leur possible pour éviter le désastre.

Komui envoie Allen, au grand désespoir de celui-ci, en Transylvanie sur les traces de son maître, le Général Cross Marian, porté disparu depuis 3 ans. A peine arrivé sur place, les villageois lui demande de les débarasser du vampire qui habite dans le chateau voisin.

Allen, accompagné de Lavi qui se trouvait sur place, se rend au chateau du Baron Aristar Krory afin d'y débusquer le vampire. Mais au cours de leur exploration des lieux, les deux exorcistes font une troublante découverte concernant les victimes.