Épisodes spéciaux

Shirō Emiya, un lycéen ordinaire, est témoin d'un combat entre des mages et leurs Servants dans son école. Blessé mortellement par Lancer, il est sauvé par Rin Tōsaka, une camarade de classe et mage. Peu après, Shirō est de nouveau attaqué et, dans un moment de désespoir, invoque accidentellement Saber, une puissante Servant. Il apprend alors qu'il est devenu un participant à la Guerre du Saint Graal, un conflit secret où sept mages s'affrontent avec leurs Servants pour obtenir le Saint Graal, capable d'exaucer n'importe quel vœu. Déterminé à empêcher que d'autres innocents ne soient blessés, Shirō décide de participer activement à cette guerre.​

Alors que la Guerre du Saint Graal s'intensifie, Shirō et Saber affrontent divers adversaires, dont Berserker et Caster. Shirō découvre que le Saint Graal est lié à une catastrophe survenue dix ans plus tôt, qui a coûté la vie à son père adoptif, Kiritsugu Emiya. Il se rend compte que le Graal est corrompu et que son utilisation pourrait entraîner de nouvelles tragédies. Malgré ses sentiments pour Saber, Shirō choisit de détruire le Graal pour empêcher un nouveau désastre. Saber, ayant accompli sa mission, disparaît, laissant Shirō seul mais fidèle à ses convictions.​