Saison 1

Les Médicis demandent à Da Vinci de créer un spectacle de Pâques à Florence. Plus tard, il est engagé pour construire des machines de guerre, et rencontre un mystérieux homme Turc.

La quête de Leonardo pour le Livre des Feuilles continue. Il a failli à la tâche concernant ses dessins de guerres pour les Médicis et cela provoque une rupture entre eux. Un espion du pape, Riario, est vaincu par Leonardo et retourne à Rome.

Riario parle de sa défaite avec le Pape et un mystérieux prisonnier, tandis que Leonardo cherche une explication rationnelle à une épidémie de possessions démoniaques qui afflige les Médicis.

Bechhi est accusé d'espionnage au profit de Rome et est arrêté. Leonardo dévoile sa dernière arme. L'armée de Florence encercle Rome. Lors d'une fête en son honneur, Leonardo est arrêté pour sodomie.

Piero, père divorcé de Leonardo, est condamné à défendre son fils au tribunal. Plus tard, Leonardo retourne un juge corrompu en sa faveur lors d'une performance pour visiter la famille royale. Le Turc fait une apparition.

L'indice du Turc sur le Livre des Feuilles conduit Leonardo à rencontrer Vlad Dracula, tandis que Lorenzo et Piero rencontrent le duc d'Urbino. Plus tard, la recherche de l'espion des Médicis s'intensifie.

Leonardo se construit un "Wet Suit" et atteint le Vatican en se faufilant par les égouts. Il rencontre le pape et le mystérieux prisonnier. Giuliano révèle l'identité de l'espion à Rome.

Les Pazzi prévoient de renverser les Médicis à Pâques. Le Turc révèle à Leonardo l'emplacement du Livre des Feuilles. Plus tard, Lucrezia admet un secret surprenant, et Leonardo sauve les Médicis.