Saison 2

Blaster se sent mal apprécié dans ses capacités à marteler des mélodies. Pourtant, les ondes radios submergent la Terre quand Mégatron utilise un emetteur sur la Lune pour brouiller tous les signaux radio. Les Autobots aident les humains privés de radio du mieux qu'ils peuvent, pendant que Cosmos et Blaster essaient de stopper les Décepticans. Ils sont capturés mais Blaster utilise sa propre musique pour brouiller l'émetteur radio des Décepticans. Pendant ce temps, Oméga Suprême et Astrotrain s'affrontent pour le contrôle de la base radio. 

Warpath, Hoist et Spike combattent Starscream, Ravage, Rumble et Ramjet quand, poursuivis par les Autobots, les Décepticans s'enfuient dans une grotte et tous sont transportés au Moyen-Age. Les Décepticans se rallient à un lord, tandis que les Autobots se rallient au Roi Arthur, dont Spike est amoureux de la fille. Spike se procure une armure et chevauche Warpath dans une joute contre Rumble et Ramjet. La joute n'est pas très spectaculaire parce que les Transformers manquent de carburant. Les Décepticans enlèvent la fille du Roi Arthur et parviennent à repousser les Autobots car leur lord leur a fourni une source d'énergie... juste avant qu'ils ne le trahissent, bien entendu. Ils tirent aussi avantage d'une poudre à canon primitive qu'ils ont réalisée. Les Autobots remportent finalement la victoire et la fille accepte de se marier à son ravisseur. Les Transformers retournent dans la grotte accompagnés d'un magicien qui réussit à les renvoyer dans leur époque après qu'ils ont noyé un dragon pour entrer dans la grotte. Ils se retrouvent au milieu de la bataille qui ouvre l'épisode. 

Cosmos découvre une source dénergie sur Titan, une des lunes de Saturne, mais il est pourchassé et désactivé par Astrotrain. Celui-ci persuade les habitants de Titan de l'adorer comme un dieu et de l'aider à exploiter les cristaux d'énergie. Oméga Suprême, avec Perceptor et Jazz à son bord, arrive et finalement chasse les Décepticans. 

Mégatron construit un trépan pour atteindre le centre de la Terre et en exploiter l'énergie, malgré les avertissements de Starscream qui annonce que cela détruira la planète. Les Autobots, pendant ce temps, ont découvert un moyen de contrôler Dévastator. Au cours de leur attaque contre le trépan, Mégatron parvient cependant à activer un système de contre-mesure. Les signaux opposés rendent Dévastator fou. Seule la coopération entre les Autobots et les Décepticans permet de le contrôler à nouveau. Dévastator détruit le trépan, et la Terre est sauvée. 

Tracks est volé par un humain et ses capcités à parler et à se transformer sont perdues. Une fois reconnecté, il révèle qui il est en réalité et tous les deux tâchent de découvrir que les Décepticans ont embauché des humains pour voler un total de 500 voitures qu'ils sont en train de convertir. Les voitures contrôlées par les Décepticans sont lachées et les Autobots se dispersent dans la ville pour les arrêter. Ils sont pourtant largement submergés quand toutes les voitures deviennent des drones Décepticans. Les drones sont finalement stopés par Blaster qui brouille leurs signaux de téléguidage. 

Les Autobots participent à un spectacle de cascades et à une course pour des oeuvres de bienfaisance, mais les Décepticans emploient un appareil pour les bloquer en mode véhicule. Alertés par Hound, les quelques Autobots absents de la course parviennent à libérer leur amis. 

Un groupe d'Autobots composé de Beachcomber, Smokescreen, Powerglide, Seaspray et Perceptor affrontent Mégatron et plusieurs Décepticans. Beachcomber et Thrust se retrouvent isolés du groupe dans la bagarre et aboutissent dans une forêt. Beachcomber découvre un lagon caché recèlant une mare remplie d'électrum. Malheureusement, Thrust découvre que, recouvert de l'électrum, on devient invulnérable. Les Décepticans s'enduisent d'électrum et infligent aux Autobots une défaite sévère. Finalement, les Autobots comprennent ce qui se passe, découvrent la mare d'électrum et s'en recouvrent. Mégatron essaie de détruire l'électrum avant cela, mais les Autobots arrivent juste avant les Décepticans et se baignent dans le liquide. Une court temps mort s'ensuit, mais le revêtement des Décepticans disparaît et ils s'enfuient; toutefois, avant de partir, Mégatron détruit la mare d'électrum et l'explosion détruit toute la vie alentour. Le beau lagon est dévasté et Beachcomber est horrifié par ce qu'il a apporté dans la forêt. 

Cosmos, Spike et Bumblebee ramènent un insecticide robotique sur la Terre pour arrêter les Insecticans quand ils sont contaminés par des plantes robotiques appelées Morphobots. Ils parviennent à s'enfuir mais apportent sans le savoir les plantes avec eux ; Cosmos s'écrase et les Morphobots se multiplient rapidement. Les Décepticans comprennent ce qui se passe et essaient d'obtenir de l'insecticide pour eux-mêmes. Les Autobots se débarassent des Morphobots grâce à la musique de Blaster, mais l'insecticide est détruit. Les Insecticans essaient de se nourrir des Morphobots, mais sont en fait dévorés par les plantes, à l'exception des trois Insecticans originaux Bombshell, Kickback et Shrapnel qui s'échappent. Les Autobots lancent les Morphobots dans l'espace à bord d'une fusée. 

Oméga suprême raconte son histoire à Optimus Prime : il était le gardien de la Cité de Cristal sur Cybertron. Il était ami là-bas avec les Conctructicans jusqu'à ce que Mégatron modifie leur personnalité et qu'ils détruisent la cité en bernant Oméga Suprême. Depuis, ils cherche à se venger et il les a poursuivi jusque sur terre. 

Au cours d'un accident catastrophique avec le Pont Spatial, les Autobots et les Décepticans se retrouvent transportés dans un autre monde où ils ont la taille de jouets. Un enfant aide les Autobots, mais les autres extra-terrestres les croient dangereux et veulent les disséquer. Ils s'échappent finalement grâce à une fusée jouet modifiée par Perceptor. 

En route pour la Terre depuis la planète des géants, les Autobots sont capturés et vidés de leur énergie par un joueur escroc. Smokescreen n'est pas touché et s'associe avec ce personnage pour gagner assez d'énergon au jeu pour recharger le vaisseau et les Autobots. Les décepticans Astrotrain, Dirge et Ramjet tentent de s'en mêler mais sont chassés avec l'aide d'un autre Autobot, Defcon. 

Shockwave découvre que les Autobots femelles se sont attaquées aux réserves d'énergon des Décepticans. Mégatron envoie Starscream et quelques autres Décepticans capturer leur chef, Elita-1. Ils y parviennent et obligent Optimus Prime à venir sur Cybertron la sauver. Il est capturé et exécuté par Starscream. Elita-1 utilise ses capacités à arrêter le cours du temps et sauve Optimus mais elle manque d'y laisser la vie. Seul Alpha Trion parvient à la sauver. Pendant ce temps, Powerglide, Inferno et Ironhide sont venus chercher Optimus et ils joignent leurs efforts à ceux des Autobots femelles pour repousser les Décepticans. Cet épisode nous apprend aussi qu'Alpha Trion est le créateur d'Optimus Prime et d'Elita-1.

Mégatron utilise un club de danse pour jouer une musique hypnotique qui oblige les humains à l'aider à construire des immeubles. Tracks et Blaster s'infiltrent dans la place avec l'aide de leur ami Raul et sa bande. Raul trouve le meilleur remède contre la musique hypnotique : une éclaboussure d'eau. Tracks libère les humains pendant que Blaster affronte Soundwave en combat singulier. 

Un chasseur britannique, particulièrement typique, veut se procurer le trophée ultime, la tête d'Optimus Prime, pour l'accrocher au-dessus de sa cheminée. Il s'arrange pour tendre plusieurs pièges subtils à d'autres Autobots, dont Grapple, Inferno, Brachcomber et Blaster, et les retient prisonniers dans son château. Optimus affronte plusieurs pièges compliqués, et délivre naturellement ses camarades avant de repartir... avec sa tête ! 

Une adolescente riche et gâtée est attaquée par les Décepticans au cours d'un carnaval organisé pour son anniversaire. Powerglide la sauve, et elle tombe amoureuse de lui. Elle tente de l'accompagner, mais les Décepticans, qui croient qu'elle détient le secret de la dernière invention de son père, la capturent à nouveau. Ils essaient d'extraire l'information de son cerveau, sans succès. Powerglide est sévèrement endommagé en allant à son secours. Elle regarde le médaillon que son père lui avait recommandé de ne jamais quitter, qu'elle sait contenir le secret de l'invention, et le jette dans une machine, ce qui sauve Powerglide. Powerglide ouvre la porte de sa poitrine et on voit une esquisse de coeur lumineux. 

Blitzwing et Astrotrain sont mécontents de leur rang chez les Décepticans et décident de prendre le pouvoir. Ils trompent Starscream et le font tomber dans un piège avec Mégatron. Blitzwing s'empare d'un stade et enlève un entraineur de fottball en le prenant pour un génial stratège. Les Constructicans construisent une forteresse labyrinthe autour du stade et incorporent quatre Autobots dans un trône après les avoir fait chuter. Pendant ce temps, Astrotrain fabrique une "armée" de rames de métro et les utilise pour amasser de l'énergie. Mégatron parvient à se libérer et met fin à la rebellion. 

Seaspray tombe amoureux d'une fille sur une autre planète. Celle-ci est une guerrière rebelle qui combat un robot nommé Déceptitran. Grâce à une mare qui peut les changer en ce qu'ils veulent, Seaspray et la fille se métamorphosent en hommes-poissons et rejoignent la base sous-marine des rebelles. Au cours de cet épisode, Rumble est piégé et transformé en arbre. 

Hoist sauve quelques cascadeurs dans un film à Hollywood et on lui demande de jouer lui-même. Il est vite rejoint par Tracks, Warpath, Sunstreaker et Powerglide, qui s'intéressent tous au cinéma. Ils tombent involontairement sur les Décepticans qui tâchent de secourir Dirge, qui revient de Cybertron avec une machine volée dans le laboratoire de Wheeljack, et qui s'est écrasé sur les studios. Les Décepticans sont mis en fuite et Wheeljack révèle que la machine n'avait de toute façon jamais marché. 

Les Dcepticans partent à la recherche de Vector Sigma dans le but de donner la vie à de nouveaux guerriers, les Cascadicans, ce qui doit leur donner l'avantage au sol sur les Autobots. Ces derniers les poursuivent sur Cybertron, mais les Décepticans se procurent la clé de Vector Sigma et donnent la vie aux Cascadicans. Accidentellement, les Décepticans découvrent que la clé possède le pouvoir de transmuter la matière organique en métal : Mégatron projette alors de faire de la Terre une deuxième Cybertron. Pour les arrêter, les Autobots créent les Aérialbots mais, sans la clé, Alpha Trion doit fusionner avec Vector Sigma pour y parvenir. Lorsque le chef des Aérialbots, Silverbot, parvient à surmonter sa peur de l'altitude héritée de ses origines de cargo, les Aérialbots battent les Cascadicans. 

Les Dcepticans partent à la recherche de Vector Sigma dans le but de donner la vie à de nouveaux guerriers, les Cascadicans, ce qui doit leur donner l'avantage au sol sur les Autobots. Ces derniers les poursuivent sur Cybertron, mais les Décepticans se procurent la clé de Vector Sigma et donnent la vie aux Cascadicans. Accidentellement, les Décepticans découvrent que la clé possède le pouvoir de transmuter la matière organique en métal : Mégatron projette alors de faire de la Terre une deuxième Cybertron. Pour les arrêter, les Autobots créent les Aérialbots mais, sans la clé, Alpha Trion doit fusionner avec Vector Sigma pour y parvenir. Lorsque le chef des Aérialbots, Silverbot, parvient à surmonter sa peur de l'altitude héritée de ses origines de cargo, les Aérialbots battent les Cascadicans.