Saison 2

Quelque part en Arabie, les Décepticans et un trafiquant d'armes ont jeté le prince local hors de son palais et utilisent ses ressources pour voler des morceaux d'avion. Les avions sont désassemblés, remontés en véhicules d'aspect anodin pour leur transport, et ensuite démontés pour construire une forteresse volante. Les Aérialbots sont envoyés enquêter, et Sky Dive et Slingshot restés sur place pour enquêter sont démontés partiellement. Leur ami Hassan, un adolescent, les aide à se reconstruire. Il manque toujours une console de tir à Slingshot lorsque les autres Aérialbots s'attaquent aux Combaticans et à la forteresse volante. Avec Hassan, Slingshot termine ses réparations à temps pour former Supérion et vaincre Bruticus. A la surprise générale, Hassan se révèle être le prince évincé.

Après plusieurs escarmouches avec les Cascadicans, les Autobots parviennent finalement à les capturer tandis qu'ils essaient de voler de mystérieuses pièces mécaniques. Les Autobots les isolent dans des cellules spéciales, ce qui les empêche de former Menasor. Wheeljack met alors au point une peinture de camouflage pour permettre aux Autobots de se déguiser en Cascadicans et d'approcher Mégatron à son insu. Sideswipe, Optimus, Mirage, Windcharger et Jazz se déguisent en Breakdown, Motormaster, Dragstrip, Wildrider et Dead End pour savoir à quoi sont destinées les pièces. La ruse réussit et ils découvrent que les pièces sont destinées à un super-laser. Malheureusement, Breakdown endommage sa cellule et s'échappe. Il libère les autres Cascadicans, tous ensemble forment Menasor et ils retournent à la base des Décepticans pour prévenir Mégatron. Quand ils arrivent à la base, Mégatron ne peut reconnaître le vrai groupe de Cascadicans du faux. Pour cela, il leur ordonne de former Menasor : les voitures incapables de le faire seront détruites. A la surprise générale, les deux groupes y parviennent, car Optimus demande à Windcharger d'utiliser son champ magnétique pour les maintenir assemblés pendant que Mirage crée l'illusion de Menasor. Toutefois, le vrai Menasor frappe le faux qui se désassemble. La ruse mise à jour, les Autobots s'arrangent pour détruire le laser soustrait de justesse aux Décepticans. 

Un million de dollars va être offert à une organisation caritative à l'occasion d'une course qui traverse l'Europe et à laquelle plusieurs Autobots participent. La course est perturbée par les Décepticans qui cherchent à se procurer la Perle de Youdine, suceptible de contrôler le climat. Pour la conserver, ils ont besoin du métal de la voiture d'un concurrent très snob, Augie Canay. Les Cascadicans se débarrassent de la plupart des Autobots au cours de la course : seuls Bluestreak, Tracks et Bumblebee restent en course pour retrouver la perle et la voiture d'Augie. Augie sacrifie sa voiture pour éliminer Menasor et Bumblebee détruit la perle libérée de sa gangue. 

Les Autobots et les Aérialbots voyagent jusqu'à Cybertron grâce à Oméga Suprême pour empêcher le dernier plan de Mégatron. La naïveté des Aérialbots les fait tomber dans un piège tendu pas les Décepticans qui les envoie au commencement du temps. Cependant, grâce à l'intervention des Autobots, ils sont seulement transportés neuf millions d'années plus tôt. Ils assistent à la création d'Optimus Prime et d'Elita-1 par Alpha Trion à partir de deux Transformers détruits par Mégatron, Orion Pax et Arial. Le chronosphère réparé, les Aérialbots reviennent à leur époque, avertis cette fois de la duplicité de Mégatron. 

Les Décepticans meurent de la rouille cosmique que Mégatron a attrapée dans une planète de robots perdue. Ils enlèvent Perceptor pour effectuer un diagnostic et trouver un remède. Perceptor révèle que le remède est l'élément X, que les Autobots ont employé pour recouvrir la Statue de la Liberté. Les Décepticans se procurent l'élément pour se guérir mais infectent Perceptor et, lorqu'il est secouru, les autres Autobots. Blaster apprend d'un message radio de Cosmos qu'il ne reste plus d'élément X dans l'espace. Les Autobots livrent bataille aux Décepticans près de la Statue de la Liberté pour récupérer un peu d'élément X. Les Autobots l'emportent et retournent à leur quartier général pour se guérir. 

Assez bizarrement, un être énergétique de toute petite taille apparaît qui court partout en hurlant "Kremseek! Kremseek!". Il passe dans les lignes électriques et aboutit au Japon. Un scientifique japonais apporte son aide aux Autobots. Puis, une armée de petits Kremseeks fusionne en un Kremseek géant que les Autobots envoient vers la base des Décepticans en utilisant l'aimant énergétique des Décepticans. 

Starscream est banni par Mégatron dans une île où il découvre les restes de véhicules de la seconde guerre mondiale. Il lui vient l'idée de voler cinq composants de personnalité sur Cybertron et de les installer dans les véhicules transformés en guerriers, les Combaticans. Il les utilise pour prendre sa revanche sur Mégatron qui n'arrive pas à les arrêter, même avec l'aide de Dévastator. Les Stunticans interviennent à la dernière minute et Bruticus est vaincu. Starscream et les Combaticans sont envoyés sur un astéroïde. 

Starscream rejoint Cybertron où il continue à comploter contre Mégatron. La Terre est envoyée vers le Soleil par le pont spatial, et les Protectobots évacuent des humains placés dans des situations périleuses. Mégatron et Optimus s'associent pour arrêter Bruticus, qui se trouve hors de contrôle sur Cybertron. Starscream accepte de révéler les points faibles de Bruticus qui est apparement vaincu. En fait, il s'agit d'une copie; Mégatron a pris le contrôle des Combaticans et Optimus a été berné. 

Trois étudiants d'université doivent réaliser un projet scientifique, et ils finissent par créer B.O.T. Pendant ce temps, les Protectobots affrontent les Combaticans qui essaient de se perfectionner à l'insu de Mégatron. Finalement, Défensor détruit tous les Combaticans, sauf Swindle qui réussit à s'échapper. Swindle revend les pièces de ses camarades, mais lorsque Mégatron l'apprend, il se met en colère et place une bombe dans la tête de Swindle qui explosera au bout d'un certain temps si celui-ci se réussit pas à reconstruire les autres Combaticans. Dans l'intervalle, les trois étudiants cherchent à se procurer un ordinateur pour faire fonctionner leur robot. Ils pensent avoir trouvé ce dont ils ont besoin lorsqu'ils ramassent la personnalité de Brawl. Lorsque celle-ci est placée dans le robot, il devient fou et se déchaîne à travers toute la ville. Swindle reconstruit les Combaticans, mais sans la personnalité de Brawl, ils s'avèrent incapables de former Bruticus. Swindle découvre B.O.T., replace la personnalité de Brawl chez son propriétaire. Mégatron conduit les Décepticans au quartier général des Autobots, car il possède une nouvelle arme capable de faire disparaître le vaisseau et les Autobots. Les Protectobots sont appelés à la rescousse et s'assemblent pour former Défensor. Celui-ci met en place un bouclier qui permettra de gagner du temps. Les étudiants réussissent à télécommander leur robot, qui sauve la situation en explosant à côté du canon.