Saison 2

Sparkplug crée l'Autobot X à partir de pièces de rechange. Au cours de son premier test, le robot devient fou et il est placé au rebut. Plus tard, Spike est gravement blessé pendant une bataille contre les Décepticans. Pour sauver sa vie, les Autobots transfèrent son esprit dans Autobot X de sorte que les médecins puissent opérer son corps. Avec un esprit instable et Mégatron qui le provoque, Autobot X se tourne contre les Autobots, mais revient à lui lorsqu'il manque de tuer Sparkplug. Le corps de Spike est sauvé lors de l'opération et l'esprit de Spike y est renvoyé. 

Wheeljack a inventé l'Immobilisateur, une nouvelle arme qui peut temporairement empêcher n'importe quel Transformer de se transformer. Les Décepticans parviennent à le voler, en partie parce que Carly ( première apparition ) distrait Ironhide de son guet. Pendant la bataille qui s'ensuit, Ironhide sauve Carly des Décepticans, mais ceux-ci ont rendu les effets de l'Immobilisateur permanents, de sorte que de plus en plus d'Autobots se retrouvent verouillés en mode véhicule. Avec l'aide de Brawn et de Jazz, Spike et Carly réussissent à inverser les effets de l'Immobolisateur et à sauver les Autobots. L'Immobilisateur est ensuite détruit. 

Powerglide et Bumblebee découvrent une île préhistorique remplie de dinosaures. Malgré les dernières mises au point réalisées par Whellkack, la démonstration de finesse et d'humour des Dinobots dans l'Arche tourne rapidement à la catastrophe. En conséquence, Optimus Prime décide d'isoler les Dinobots sur cette île, où ils apprendront à mieux se contrôler dans le feu de l'action et à mieux coopérer ensemble au combat. Les Décepticans ont vent de cette île et veulent exploiter ses nombreuses ressources naturelles pour augmenter leur puissance. Mégatron finit par découvrir que l'île est riche en énergie : les Décepticans arrivent sur l'île et continuent à convertir l'énergie en cubes d'Energon. Ils affrontent les Dinobots, mais Mégatron effraie quelques dinosaures et les utilise pour précipiter les Dinobots dans un puit de goudron où ils se retrouvent piégés. 

Le fait que les Décepticans volent de l'énergie pour remplir des cubes d'Energon provoque une discontinuité dans l'espace-temps, qui induit d'autres distorsions du temps au hasard à travers le reste du monde. Les Autobots doivent renvoyer des mamouths, des cow-boys et d'autres reliques historiques à travers les distorsions du temps avant qu'ils ne soient piégés dans le monde moderne. Les Autobots découvrent finalement la cause des distorsions du temps, et envoient une force pour arrêter les Décpticans sur l'île des Dinobots. Ils arrivent sur l'île, mais sont facilement refoulés. Tout ça ne s'annonce pas très bon, jusqu'à ce que les Dinobots se raniment et arrêtent les Décepticans. Optimus Prime observe qu'ils ont appris à mieux fonctionner en groupe et les autorise à revenir parmi les Autobots. 

Les Décepticans s'emparent d'une source instable de puissance ( des cellules électriques ) et cherchent à l'exploiter, avec l'aide des Insecticans. Le projet de Mirage consistant à monter les Insecticans et les Décepticans les uns contre les autres échoue lorsqu'il est sous la domination mentale de Bombshell. Sous l'influence des Insecticans, il conduit les Autobots dans un piège. Ratchet retire l'obus cérébral de Bombshell et apprend cependant la vérité. Dans une bataille finale avec Mégatron, les cellules électriques sont détruites. 

Les Autobots sont appelés par le docteur Fujiyama pour l'aider à protéger sa nouvelle invention, un robot ninja femelle. Profitant du fait que les Autobots n'engagent pas le combat pour éviter de blesser les humains qui évacuent la conférence, les Décepticans parviennent pourtant à s'en emparer et le modifient pour l'utiliser pour voler la puce de l'ordinateur des Autobots qui contient toutes les informations sur les sources d'énergie du monde entier. Elle réussit à voler la puce dans le quartier général des Autobots, mais elle doit affronter les Autobots qui la poursuivent et la piègent. Les Décepticans viennent à son secours, mais Starscream, qui craint d’être remplacé en tant que second, mène une fronde qui fait diversion. Les Décepticans pourchassent alors Starscream, qui s'enfuit, et abandonnent Nightbird et la puce aux Autobots. Nightbird est retournée au docteur Fujiyama sans avoir été endomagée. 

Gears, grognon en temps normal, est enlevé par les Décepticans au cours d'une attaque contre une mine où les Décepticans tirent avantage du fait que les Autobots refusent de combattre en risquant la vie des humains. Mégatron retire à Brawn une cellule de personnalité pour l'utiliser dans son dernier plan, une centrale d'énergie qui capte l'énergie du Soleil. Sans cette puce, Brawn devient excessivement amical avec eux. Les Autobots traversent la jungle africaine et parviennent à la centrale énergétique des Décepticans. Cliffjumper se dévoue pour court-circuiter le dôme protecteur mis en place par Mégatron mais le combat entre les Décepticans et les Autobots tourne à l'avantage des premiers. Optimus est sur le point d'être exécuté, et les autres Autobots jettent leurs armes malgré ses ordres de détruire la centrale d'énergie. Grâce à Brawn, devenu l'allié objectif des Décepticans à cause de son changement de personnalité, Optimus parvient à détruire la centrale. Les Décepticans sont mis en fuite, et le composant manquant à Gears lui est restitué. Celui-ci retrouve sa mauvaise humeur naturelle, et les Autobots retournent à leur base.

Les Décepticans découvrent un gouffre rempli de cristaux qui détruisent les mécaniques et ils inventent une machine qui duplique les Transformers. Les Décepticans dupliquent Optimus Prime et sèment la confusion chez les Autobots qui ignorent qui est le vrai Optimus. Les Autobots et les Décepticans combattent près du gouffre et la copie d'Optimus détruit une copie de Starscream pour incuire en erreur les Autobots. Ceux-ci sont prêts à suivre le faux Optimus dans le gouffre quand, sous le contrôle de Mégatron, la copie se trahit en n'accordant aucune importance à la santé de Spike. Les Autobots envoient le faux Optimus dans le gouffre et le détruisent. Les Décepticans abandonnent leur base dans le désert au cours de cet épisode. 

Atlantis, ville sous-marine occupée pardes créatures semi-humaines, est découverte par les cassettes Décepticans Laserbeak et Buzzsaw. La confrontation entre les Décepticans et les êtres des profondeurs marines aboutit finalement à une alliance qui fournit aux Décepticans des cubes d'énergon et permet à l'Atlantide d'émerger à nouveau. Les Autobots Wheeljack, Brawn, Bumblebee sont envoyés pour étudier le problème, mais Wheeljack est capturé. Le roi d'Atlantide l'utilise pour mettre au point une arme qui paralyse les Autobots, et qui prive les Décepticans de presque toute leur mobilité. Les Décepticans en profitent pour semparer de Washington D.C. et Mégatron s'assoit sur le trône d'une statue. Les Autobots affrontent les Décepticans dans Washington, et l'aide des Dinobots leur procure l'avantage. Atlantis est finalement détruite dans une bataille finale où les Dinobots jouent un rôle très efficace de démolisseurs

Mégatron modifie les chargeurs énergétiques des Autobots pour les faire passer dans son camp. Jazz et Bumblebee, qui ne s'étaient pas rechargés, ainsi que Sparkplug, tâchent de ramener les Autobots à la raison et d'empêcher Mégatron de s'emparer d'un satellite solaire énergétique. Après avoir reconverti les Autobots, Jazz anéantit la fusée des Décepticans en même temps que leurs espoirs de retourner sur Cybertron avec le satellite. 

Mégatron s'est procuré un nouveau super-composant énergétique, le « Coeur de Cybertron », dans un vaisseau Déceptican écrasé. Cette pièce est particulièrement instable, et peut exploser de manière catastrophique à tout moment. Perceptor, Brawn et Bumblebee sont réduits à une taille microscopique pour se faufiler à l'intérieur de Mégatron, temporairement endormi, et retrouver le composant. Le recherche s'avère difficile en raison du système immunitaire de Mégatron et de la querelle entre Brawn et Perceptor au sujet de la supériorité de l'esprit sur la force, mais Perceptor gagne finalement le respect de Brawn pendant que le trio retrouve le composant, parvient à s'échapper de Mégatron et à détruire le composant à la dernière minute. 

Grapple a conçu une tour concentrant l'énergie solaire, mais Optimus n'autorise pas sa construction en raison du fait que ce serait trop difficile à défendre et que Mégatron risquerait de s'en emparer. Hoist et Grapple vont bouder dans le désert et les Constructicans les abusent en leur faisant croire qu'ils ont déserté. Ils construisent la tour, soi-disant pour leur plaisir, mais lorsqu'elle est finie, les Constructicans la livrent à leur chef et les Autobots doivent la détruire. 

Les Autobots et les Insecticans engagent une bataille dans la forêt où les Insecticans dévorent les arbres. Après avoir battu les Autobots, les Insecticans suivent les Décepticans dans une base qui contient une source d'énergie dont les Insecticans se repaissent, ce qui les transforme en de gros insectes mais les rend aussi très instables. Au cours de l'opération, ils prennent le contrôle de Soundwave et en font un esclave grâce à une capsule cérébrale de Bombshell et endommagent gravement Wheeljack et Ironhide, ce qui oblige les Autobots à battre en retraite. Bientôt, Mégatron et Starscream réalisent que Soundwave et tous les autres Décepticans sont sous le contrôle des Insecticans. Bombshell envoie deux capsules cérébrales, dont une touche Starscream, qui devient contrôlé, et l'autre est détruite par Mégatron avant qu'elle ne le frappe. Optimus prévient Mégatron du fait que toute explosion touchant un des Insecticans pourrait détruire tout le monde. Les Autobots créent trois antidotes pour empêcher cela. Mégatron est forcé de coopérer avec les Autobots, et il se transforme pour lancer les antidotes. Bombshell et Kickback sont sauvés et reviennent à leur taille normale, mais Shrapnel explose avant que l'antidote administré par Spike agisse. Les Décepticans sont libérés de la férule des Insecticans et Bombshell reconstruit Shrapnel. Les Insecticans battent en retraite devant les Décepticans qui les pourchassent. 

Mégatron reprogramme Torq III, un super-ordinateurn, pour qu'il lui obéisse. Il l'utilise pour dévier des cargos pétroliers vers une plateforme sous son contrôle. Optimus Prime détruit l'ordinateur ;les Autobots attaquent la plateforme et s'enfuient pendant qu'elle s'auto-détruit. 

Mégatron complote avec un politicien humain et s'arrange pour que les Autobots apparaissent comme nuisant aux intérêts terrestres. Les Autobots sont placés dans une navette et envoyés sur Cybertron, mais ils s'apperçoivent que Mégatron a modifié le trajet pour les envoyer finir leur course dans le soleil. Pendant ce temps, Spike découvre sur terre la vérité. Les Autobots reviennent sur terre, pauvres en énergons, mais sont tout de même capables de vaincre les Décepticans. 

Mégatron complote avec un politicien humain et s'arrange pour que les Autobots apparaissent comme nuisant aux intérêts terrestres. Les Autobots sont placés dans une navette et envoyés sur Cybertron, mais ils s'apperçoivent que Mégatron a modifié le trajet pour les envoyer finir leur course dans le soleil. Pendant ce temps, Spike découvre sur terre la vérité. Les Autobots reviennent sur terre, pauvres en énergons, mais sont tout de même capables de vaincre les Décepticans. 

Red Alert s'est toujours montré un peu agité, mais il dépasse les bornes quand une explosion secoue ses circuits pendant qu'il aidait à garder un tank meurtrier. Il croit qu'Optimus s'apprête à le remplacer et s'enfuit épouvanté. Starscream est une fois de plus chassé par les Décepticans et cherche un moyen de s'emparer du tank. Finalement, Red Alert s'allie avec Starcream : les Autobots doivent retrouver le tank et réparer les circuits de Red Alert avant qu'il ne s'autodétruise; c'est à Inferno que revient la tâche de sauver son vieil ami. 

La vile de New York est transformée par Mégatron en une ville d'acier. Optimus Prime est capturé et découpé en morceaux. Les Autobots doivent retrouver les différentes parties d'Optimus dispersées à travers la ville. 

Les Transformers commencent à souffrir des effets du manque d'un élément rare, le Cybertonium, qui n'existe pas sur terre. Les Dinobots, construits sur terre, ne sont pas affectés mais, lassés de faire toujours le sale boulot des Autobots, ils s'en vont sur Cybertron. Les Décepticans se procurent leur stock à travers le Pont Spatial, mais les Autobots ont besoin de l'aide des Dinobots pour obtenir le leur. Carly et Spike les suivent sur Cybertron et font équipe avec Swoop, seul Dinobot rescapé d'une embuscade. Ensemble, ils sauvent les autres Dinobots, capturés, et après une brève leçon d'histoire, les Dinobots sont convaincus de retourner sur terre avec le Cybertonium des Autobots. 

Les Transformers commencent à souffrir des effets du manque d'un élément rare, le Cybertonium, qui n'existe pas sur terre. Les Dinobots, construits sur terre, ne sont pas affectés mais, lassés de faire toujours le sale boulot des Autobots, ils s'en vont sur Cybertron. Les Décepticans se procurent leur stock à travers le Pont Spatial, mais les Autobots ont besoin de l'aide des Dinobots pour obtenir le leur. Carly et Spike les suivent sur Cybertron et font équipe avec Swoop, seul Dinobot rescapé d'une embuscade. Ensemble, ils sauvent les autres Dinobots, capturés, et après une brève leçon d'histoire, les Dinobots sont convaincus de retourner sur terre avec le Cybertonium des Autobots.