Saison 1

Dans un autre monde, l'éponyme Black Rock Shooter affronte un mystérieux adversaire aux yeux rouges. Pendant ce temps, dans le monde des humains, Mato Kuroi entre au collège et s'intéresse à sa classe.

Alors que Black Rock Shooter continue de lutter contre Chariot et Dead Master, Mato attend Yomi au festival, mais elle n'arrive jamais car Kagari ne l'a pas laissé faire.

Alors que Mato se prépare à aller au camp d'entraînement avec son club de basket-ball, Yomi commence à devenir jalouse de l'ami d'enfance de Mato, Yuu Kotari.

Dans l'autre monde, un autre être nommé Force est vu en train de jeter le cadavre de Chariot d'une falaise. Pendant ce temps, Kagari commence à aller à l'école et commence à se faire des amis qui, en plus du devoir de Mato ies avec son club, fait que Yomi se sent indésirable.

Alors que Black Rock Shooter se bat contre une énorme armée sous le contrôle de Dead Master, Yomi se comporte étrangement à l'école, se coupant les cheveux en classe, provoquant l'inquiétude de Mato, allant même jusqu'à se déchaîner

Alors que Mato s'effondre de ce qu'elle venait de faire, Black Rock Shooter se transforme en Insane Black Rock Shooter et se dresse contre Black Gold Saw.

Alors que Saya découvre qu'elle n'est plus en mesure de se connecter avec Black Gold Saw, Yuu envoie son propre esprit à celui de Strength pour essayer de parler à Mato.

Alors que Strength se prépare à se sacrifier pour arrêter Yuu, Mato est déterminé à empêcher Black Rock Shooter de la tuer. Elle finit dans un monde bleu, où elle-même est Black Rock Shooter.