Saison 6

Les sergents Sergei Zhukov et Dimitri Lakarenko survolent la campagne tchétchène en hélicoptère, lorsque des rebelles les prennent pour cibles. Ils sont alors obligés de faire un atterrissage forcé. Sergei prend le temps de récupérer une photo de Harm avant de s'extraire de l'appareil.

Sergei Zhukov et Harm discutent longuement. Harm doute toujours que le jeune Russe soit son demi-frère, même s'il possède des photos de leur père. Mac souhaite se rendre en Tchétchénie pour rejoindre Harm.

Un navire américain, patrouillant non loin des eaux territoriales cubaines, porte secours à une jeune fille de 13 ans qui tentait de rejoindre les Etats-Unis sur un radeau. Les autorités cubaines, embarrassées par la situation, exigent le retour immédiat de l'adolescente...

Pour échapper à une tempête, un F-14 piloté par le capitaine de corvette Mike Urquiza et le lieutenant Jeff Berke, est obligé d'atterrir au plus vite. Alors que leur atterrissage s'est bien passé, leur avion prend feu quelques minutes plus tard.

En Virginie, un couple en voiture s'arrête sur un pont où une femme semble les attendre. Une bagarre éclate entre l'homme, Andy Kingsley, sa femme Susan Kingsley et sa maîtresse Misty James. Cette dernière tombe et meurt. Harm et Mac vont devoir comprendre ce qui s'est passé.

A la base navale de Norfolk, en Virginie, le Quartier-Maître Elling, et sa femme Fanny sont arrêtés par des agents fédéraux. Fanny est en fait une Princesse de sang et sa famille exige qu'elle rentre dans son pays.

Deux jours d'être nommé Commandant de la sixième flotte, l'Amiral Thomas Boone est accusé par un appel anonyme d'avoir participé, en août 1968, au massacre de civils innocents dans le petit village de Tan Dien, au Vietnam. L'enquête est confiée à Mac mais Harm souhaite y participer.

L'amiral Boone, qui mène des opérations au large de la Virginie, est relevé de ses fonctions par l'amiral Nash. Au quartier général du JAG, Harmon et Mackenzie vont tout faire pour lui éviter la cour martiale...

Harriet, la femme du lieutenant Roberts, accouche d'une petite fille, mais des complications au moment de la naissance entraînent la mort du bébé. Bud accuse le docteur Gettis d'avoir commis une erreur médicale lorsqu'il apprend qu'Harriet présente une tumeur abdominale, que Gettis a ignorée à la dernière échographie...

Alors que le capitaine Curt Hollenbeck attend sa nomination en tant qu'inspecteur général au JAG, il est accusé de harcèlement sexuel sur la personne du capitaine Caitlin Pike, laquelle a travaillé sous ses ordres quatre ans plus tôt...

De retour à la vie civile, l'ex-sergent Daniel Craig voit un père en train de brutaliser son fils. Il s'interpose et flanque une correction magistrale au père violent. Craig est ensuite arrêté pour agression...

Un navire de la Marine Américaine entre en collision avec un navire turc durant un exercice d'entraînement de l'OTAN. L'Amiral Chegwidden est chargé de porter des accusations contre le Commandant du navire américain tandis que Harm et Mac sont chargés de sa défense.

Harm se charge de la défense d'un sergent de la marine, accusé de tentative de meurtre sur son épouse. Son seul espoir d'obtenir l'acquittement est de persuader le jury que, si son client en est arrivé là, c'est à cause d'une prière qu'il a adressée un jour à un aumônier tué au Viêtnam...

Harm et le lieutenant Roberts poursuivent en justice un officier accusé du meurtre de l'un de leurs collègues. Mais lorsqu'une preuve essentielle disparaît du dossier, ils se lancent sur de nouvelles pistes...

Lorsqu'un sous-marin soviétique est détruit, les Russes accusent la marine américaine d'avoir commis une gravissime erreur. Harm, très proche du capitaine Volkonov, se retrouve au centre d'un conflit...

Le sergent Galindez se porte volontaire pour se rendre au Nouveau-Mexique afin d'escorter un héros de la guerre du Viêtnam, accusé de désertion. Mais la vie des deux hommes est menacée par les autorités locales...

Le lieutenant Harmon Rabb et Sarah MacKenzie se rendent à Bahrein, où un destroyer américain a été attaqué par des terroristes. Une jeune Américaine, retrouvée à bord du bateau de ces derniers, dit avoir été kidnappée par les terroristes. Harmon Rabb est chargé d'enquêter, car la jeune femme est soupçonnée de les avoir délibérément aidés...

Harmon est chargé de défendre le lieutenant Michael Roberts, le frère de Bud, accusé d'avoir tué un homme dans un bar lors d'une rixe entre militaires et civils à Mazathan, au Mexique. Harmon doit prouver que Roberts a agi en état de légitime défense...

Clark Palmer, un vieil ennemi de Harm, et le sergent Krohn, accusé d'avoir tenté d'assassiner sa femme, sont tous deux en prison. Ils déclarent avoir eu la vision du père Wiggins, un aumônier disparu au Viêtnam. Palmer affirme que ce dernier lui a confié où se trouve l'individu qui a agressé madame Krohn. Harm ignore qu'il va tomber dans une embuscade...

Au Cap Fear, en Caroline du Nord, à la base aérienne du corps des Marines. Le programme OSPREY consiste à tester les appareils F14. Lors d'un vol d'essai auquel participe Bobbi Latham, membre du Congrès, un incident se produit, blessant légèrement les occupants. Madame Latham porte l'affaire en justice, arguant que les appareils présentent des défaillances mécaniques...