Saison 2

Alors qu'Ebisu enseigne à Naruto comment marcher sur l'eau, l'ermite Jiraya, ninja légendaire, fait son apparition, et assomme Ebisu.

Un soir, un combat a lieu entre Gaara et Dosu Kinuta. Ce dernier lui avoue qu'en l'éliminant, il affrontera Sasuke à la phase finale. Mais Gaara se débarrasse de lui en un clin d'œil. Pendant ce temps, non loin de là, Kabuto et Baki concluent une alliance entre Suna et Oto pour réduire en cendres le village de Konoha. Après des péripéties, l'ermite accepte d'enseigner à Naruto ses connaissances, et commence par une technique puissante : la technique d'invocation.

Le troisième hokage informe les jōnin et les chūnin de la mort d'Hayate Gekko, l'arbitre des éliminatoires. Son corps a été retrouvé par les membres de l'ANBU. Pendant ce temps, Sakura rend visite à Sasuke et Lee à l'hôpital en compagnie d'Ino.

Le seul moyen pour que Naruto réussisse à concentrer le chakra du démon-renard à neuf queues : une question de vie ou de mort.

Naruto invoque Gamabunta, l'actuel roi des batraciens, mais ce dernier ne croit pas ce petit bonhomme capable de l'avoir invoqué.

Le matin, Gaara reste introuvable. Shikamaru rend visite à Naruto et Sakura cherche Lee, qui devient la cible de Gaara.

Hinata est surprise par la « déclaration » de Naruto. Lors de leur discussion, Naruto remarque que le festival a déjà commencé. Kiba vient rejoindre Hinata, qui ne lui prête aucune attention. Le festival commence et déjà 3 concurrents sont absents. Naruto arrive donc dans le stade, par une entrée de « bouffon » comme dit Shikamaru.

Le premier combat de la phase finale de l'examen des chūnin va opposer Naruto Uzumaki à Neji Hyûga. Naruto est prêt à donner le meilleur de lui-même pour venger la défaite d'Hinata.

Neji utilise sa technique défensive du tourbillon divin, et paralyse Naruto avec les 64 poings du hakke. Neji dévoile alors le sort réservé aux membres de la branche parallèle des Hyûga.

Alors que Neji est sur le point de remporter le combat, Naruto puise dans le chakra de Kyûbi et retourne la situation à son avantage, à la surprise générale.

Neji découvre la vérité sur la mort de son père. Pendant ce temps, Sasuke n'est toujours pas arrivé. Les autres combats sont donc avancés.

Le combat suivant oppose Shikamaru à Temari. Bien que peu motivé, Shikamaru finit par dévoiler ses capacités.

Alors qu'il allait être disqualifié, Sasuke fait finalement son apparition dans le stade. Pendant ce temps, en coulisses, Naruto et Shikamaru assistent à une scène terrifiante.

Sasuke prend l'avantage sur Gaara grâce à sa rapidité. Gaara se réfugie dans une carapace de sable, et prépare sa contre-attaque.

Sasuke dévoile sa technique du chidori, enseignée par Kakashi. Pendant ce temps, autour du village, des ninjas ennemis rôdent.

Des ninjas d'Oto et de Suna font leur apparition dans l'enceinte du village. Orochimaru profite de la confusion pour maîtriser le 3e hokage.

Kakashi charge Naruto, Sakura, Pakkun, et Shikamaru de rattraper Sasuke, parti seul à la poursuite de Gaara. Le combat entre Orochimaru et le 3e hokage commence.

Le groupe de Naruto est poursuivi par des ninjas ennemis. Shikamaru décide de préparer une diversion pour semer les poursuivants.

Orochimaru utilise une technique interdite pour ressusciter le 1er et le 2nd hokage et les obliger à le servir. Entre ces deux là et le 3e hokage, un terrible combat commence.

L'affrontement final entre Orochimaru et le 3e hokage se rapproche. Le 3e hokage regrette alors de ne pas avoir pris la vie d'Orochimaru quand il en a eu l'occasion, quelques années auparavant.