Saison 2

Alors que le cardinal de Richelieu est enterré, les mousquetaires partent en mission avec Rochefort, ancien agent du cardinal ayant secrètement fait allégeance à la couronne d'Espagne, pour délivrer de prison le général de Foix. Les tentatives espagnoles d'éliminer les mousquetaires, orchestrées par Rochefort, échouent. De Foix et sa soeur sont ramenés à Paris et le renégat Rochefort est nommé capitaine des gardes du cardinal. Sur son lit de mort, de Foix exprime à Tréville son désir d'avouer à Porthos l'identité de son père, Belgard, leur ancien camarade d'armée, à qui il avait pourtant juré de garder le silence..

Souhaitant jouir de la même liberté que n'importe quel paysan, le roi Louis demande aux mousquetaires de l'accompagner, incognito, dans une taverne. Mais la soirée tourne mal : le monarque ainsi que d'Artagnan sont kidnappés par des malfrats. Le baptême du dauphin étant prévu le lendemain, Porthos, Aramis et Athos disposent de peu de temps pour les retrouver.

Chassé par son pays, Tariq Alaman, ex-général maure de l'armée espagnole, propose au roi la formule d'une poudre à canon révolutionnaire s'il aide à récupérer sa fille Samara enlevée par les Espagnols. Cette formule n'est lisible qu'à l'aide d'une machine cryptographique. Après un échange manqué, Porthos se retrouve emprisonné avec Samara et se pose des questions sur ses origines. Les mousquetaires parviennent à délivrer leur ami et la jeune fille, mais Tariq périt en détruisant la machine. Le dauphin souffre des bronches et les prescriptions du docteur Lemay n'y changent rien.

Une prophète, Emilie de Duras, lève une armée parmi les paysans de France pour marcher sur l'Espagne. Aramis se rend à son camp pour résoudre la situation, pendant ce temps la reine Anne et Constance se rendent au camp et comprennent ce qui provoque les visions d'Emilie. La situation entre Rochefort et l'ambassadeur espagnol est tendue à la suite de l'assassinat de la prostituée fréquentée par Rochefort. Treville paye le prix pour ne pas avoir réussi à protéger l'ambassadeur.

Athos, qui a renoncé à son titre, est kidnappé par ses anciens sujets qui lui apprennent que son voisin, le baron Renard essaye de récupérer ses terres. Au début Athos est indiffèrent au sort des villageois, mais après avoir discuté avec la veuve de son frère, Athos change d'avis et accepte d'aider les habitants à s'entraîner pour protéger leurs terres.

Un astrologue invite la famille royale à observer l'éclipse solaire dans un château et les prends en otage avec leurs garde du corps d'Artagnan, Aramis, et Porthos. Commence alors un jeu mortel ou le participant doit choisir entre pile et face, le résultat entraîne sa libération ou sa mort. Milady tente sa chance et est autorisé à partir. Le roi doit alors faire un choix qui déterminera qui meurt : sa femme et son enfant, ou des membres de la cour.

Les soldats escortent une cousine du roi, la princesse Louise qui doit se rendre en Suède pour y contracter un mariage, qui devrait bénéficier aux intérêts de la France. En chemin, ils tombent dans une embuscade et la princesse est sauvée de justesse. Les Mousquetaires doivent découvrir qui en veut à la princesse pour que le mariage princier puisse se dérouler comme prévu. Très vite, ils réalisent que Louise n'est pas la seule personne visée et que d'autres personnes importantes de la cour sont aussi les cibles d'un mystérieux assassin.

Athos retrouve son père, le marquis de Belgard, ainsi que sa demi-soeur Eleanor etson époux, Levesque. Après avoir été manipulé par son père, il apprend que Tréville et de Foix les avaient enlevés lui et sa mère à la demande de Belgard. Les autres mousquetaires enquêtent sur la mort d'une servante du manoir et découvrent que Levesque et Eleanor sont des proxénètes...

Rochefort utilise une lettre de trahison que la reine a écrite à son frère le roi d'Espagne. Les mousquetaires, avec l'aide inattendue de Milady, emmènent la Reine en sécurité dans un couvent, laissant à Athos et Milady la tâche de rechercher des preuves que Rochefort est un espion des espagnols. Le roi est empoisonné et le médecin Lemay et Constance sont arrêtés. Rochefort donne à Constance un ultimatum : si elle témoigne de l'infidélité de la Reine avec Aramis, elle ne sera pas exécutée. Porthos, avec un document contrefait, a l'intention de capturer Vargas, le maître espion espagnol, tandis que la reine insiste pour retourner à Paris et tombe dans le piège de Rochefort qui arrête Aramis pour trahison.

Constance échappe de justesse à son exécution grâce aux mousquetaires qui viennent la délivrer. Tréville les rejoint et ils décident de partir aider Porthos à ramener Vargas pour le conduire devant le Roi. Lui seul peut en effet prouver que les allégations de Rochefort quant à la trahison de la Reine, ne sont que des mensonges.