Saison 2

Benjamin Sisko recherche toujours Gul Dukat qui s'est fait enlever sur la station et se rend compte que les personnes de pouvoir au sein de la Fédération sont complètement déconnectés de la réalité. Il retrouve enfin Dukat dans un repaire du Maquis, le libère avec l'aide d'Odo et lui sauve la vie, ne serait-ce que parce que le gouvernement Cardassien veut sa mort à la suite d'un trafic d'armes illégal. Dans ce sauvetage, Sisko fait des prisonniers, mais pas son ancien ami Calvin Hudson.

Un implant situé dans le cerveau de Garak le tue à petit feu et le docteur Bashir fait tout pour le sauver contre sa volonté. Ironie du sort, cet implant était fait pour que Garak ne souffre pas en cas de torture.

Alors que Kira Nerys et Julian Bashir reviennent du quadrant Gamma, un dysfonctionnement de leur vaisseau juste avant qu'il ne franchisse le vortex, se rétabli lors du passage dans le vortex, mais ce qu'ils voient en sortant les intrigues au plus haut point car la station n'est plus là mais de nouveau dans l'orbite de Bajor. Ils sont arrivés dans un univers alternatif.

Kira Nerys et Vedek Bareil étant désormais amants, Kira est certaine de la prochaine réussite de Vedek en tant que prochain Kai, ce dont il doute car ce qui préoccupe Vedek est le fait que l'Orbe de la prophétie, ne cesse de lui donner des images désastreuses de son avenir. Pendant ce temps, l'ancien agent de liaison de Bajor sur Terok Nor pour les Cardassiens, Kubus, est de retour sur la station et est aussitôt arrêté par Odo. Ce même Kubus accuse Vedek Bareil d'être responsable d'un massacre, ce que Winn Adami s'empresse de colporter.

Alors qu'il part en vacances avec sa femme avec une navette, Miles O'Brien se fait aborder par des Cardassiens qui l'accusent d'un crime dont il ignore tout.

Benjamin Sisko décide d'emmener son fils Jake faire un voyage d'étude sur une planète du quadrant Gamma, mais Jake veut emmener son ami Nog avec eux. Benjamin accepte mais au moment du départ, Quark s'invite officiellement pour servir de chaperon et officieusement pour demander un service à Benjamin. Hélas, lors de leurs première soirée, une femme extraterrestre apeurée, arrive au campement car elle fuit les Jem'Hadar qui arrivent rapidement. Ils capturent cette femme ainsi que Quark et Benjamin Sisko. En captivité, ils apprennent que cette race fait partie du Dominion et qu'ils ne souhaitent plus que des vaisseaux viennent dans le quadrant Gamma.