La Ligue Indigo

Sacha, un jeune garçon de Bourg-Palette, part pour son périple à travers la région de Kanto avec son premier Pokémon, Pikachu, offert par le célèbre Professeur Chen.

Pikachu est transporté d'urgence au Centre Pokémon de Jadielle après avoir été grièvement blessé par des Piafabec sauvages. Jessie et James, deux membres de la Team Rocket accompagnés d'un Miaouss qui parle, s'introduisent dans le Centre afin de voler des pokéballs contenant des Pokémon. Sacha fait la connaissance d’Ondine, une jeune fille à qui il a emprunté son vélo pour échapper aux Piafabec sauvages. Le vélo ayant été détruit pendant la fuite, elle décide de le suivre dans son périple afin qu'il le lui rembourse.

Sacha, Ondine et Pikachu arrivent dans la forêt de Jade et rencontrent un Chenipan sauvage, que Sacha décide de capturer malgré les protestations d'Ondine qui déteste les Pokémon insectes. Sacha capture aussi un Roucoups sauvage et, à l’aide de ses nouveaux Pokémon, bat de nouveau Jessie et James qui cherchaient à se venger de l’affront qu'ils ont subi. Chenipan évolue en Chrysacier. Sacha et Ondine continuent leur périple à travers la forêt de Jade.

Sacha et Ondine rencontrent un samouraï qui vit dans la forêt de Jade. Alors que celui-ci défie Sacha, le match est interrompu par un essaim de Dardargnan qui enlève le Chrysacier de Sacha. Afin de le sauver, Sacha n’hésite pas à risquer sa vie. Ému par sa dévotion, le Chrysacier évolue en un Papilusion et utilise l'attaque Poudre Dodo pour arrêter l’essaim de Dardargnan. Sacha et ses amis sortent de la forêt et se dirigent vers Argenta.

Sacha, Pikachu et Ondine arrivent à Argenta. Au Centre Pokémon, Sacha aperçoit une affiche vantant les mérites de la ligue Pokémon et du tournoi annuel de celle-ci. Avant de pouvoir participer, chaque dresseur doit remporter un match contre au moins huit champions différents. Sacha décide de s’inscrire, sûr de remporter facilement les huit badges. Son premier adversaire est Pierre, le champion d’arène de la ville. Face à ce spécialiste des Pokémon de type Roche, Pikachu ne peut vaincre l’Onix qui lui est opposé. Un inconnu, qui se révélera être le père de Pierre n'osant pas rentrer chez lui, aidera Pikachu à gagner en puissance, lui permettant ainsi de déclencher le système anti-incendie de l'arène qui affaiblit Onix. Impressionné par la force du jeune dresseur, le champion Pierre remet le badge Roche à Sacha et décide de l’accompagner.

Sacha, Ondine et Pierre arrivent à l'entrée du Mont Sélénite et rencontrent un scientifique appelé Simon qui se fait attaquer par des Nosferapti sauvages. Pierre capture l'un d'entre eux. Une fois à l'intérieur de la grotte du mont, Simon explique à Sacha, Ondine et Pierre qu'un dérèglement dans la grotte provoque une perte d'énergie des Pokémon vivant ici. En réalité, c'est la Team Rocket qui est derrière tout ça, mais grâce à des Mélofée et des Mélodelfe fraîchement évolués avec des Pierres Lune, la Team Rocket se fait battre une fois de plus.

Sacha apprend qu'une arène Pokémon existe à Azuria. Il décide avec Pierre d'y aller. Ondine fait tout pour l'arrêter, mais Sacha s'y rend algré tout. Une fois là-bas, il se rend compte que trois jeunes filles dirigent l'arène et qu'il ne leur reste qu'un seul Pokémon. C'est alors qu'Ondine apparaît et décide d'affronter Sacha elle-même, lui révélant qu'elle est la sœur de ces trois jeunes filles et se considère comme championne de l'arène. Leut match est interrompu par la Team Rocket, mais grâce à Sacha et Pikachu, le plan de la Team Rocket échoue. En remerciement, les trois sœurs offrent à Sacha le badge Cascade d'Azuria, malgré l'opposition d'Ondine.

Sacha, Ondine et Pierre continuent leur périple en direction de Carmin-sur-mer. Sur le chemin, ils rencontrent Albert, un dresseur aux méthodes dures pour ses Pokémon. Il affronte Sacha et le bat avec son Sabelette, et en fait de même avec la Team Rocket. Albert décide ensuite de partir à la conquête des badges dans toute la région.

Toujours sur le chemin de Carmin-sur-mer, Sacha, Ondine et Pierre continuent le voyage et rencontrent devant une école prestigieuse une jeune fille prétentieuse, Giselle. Après qu'elle se soit moquée d’Ondine, Sacha lui lance un défi et lui fait regretter ses paroles.

Sacha, Ondine et Pierre arrivent au village caché dirigé par Mélanie, une jeune fille qui s'occupe des Pokémon sauvages malades ou des Pokémon abandonnés. Le Pokémon gardien de ce village, un Bulbizarre, défie Sacha en match et, avec l'accord de Mélanie, décide finalement de rejoindre l'équipe de Sacha.

Sacha et ses amis, perdus sur la route de Carmin-sur-mer, découvrent un immense rocher sur lequel se trouve un Salamèche qui attend son dresseur, Damien. Celui-ci l’a en réalité abandonné là, car il le jugeait trop faible pour lui. Sacha le recueille alors dans son équipe.

Sacha, Ondine et Pierre tombent sur un gang de Carapuce sauvages, qui met la pagaille dans une ville voisine, et contre laquelle l’agent Caillou ne peut rien faire. Après une attaque de la Team Rocket, les Carapuce éteignent l'incendie provoqué par celle-ci et le chef des Carapuce décide de rejoindre l'équipe de Sacha. Sacha a désormais ses six Pokémon.

Sacha capture un Krabby sur une plage, mais sa pokéball se téléporte chez le Professeur Chen. Sacha apprend alors qu'il ne peut transporter que six Pokémon avec lui. Il arrive ensuite au Phare de Léo, qui lui apprend qu'il existe plus de 150 Pokémon.

Sacha, Ondine et Pierre sont enfin arrivés à Carmin-sur-mer. Après un passage au Centre Pokémon, Sacha et Pikachu se rendent à l'arène et rencontrent le Major Bob, un champion prétentieux, et son partenaire Raichu. Pikachu ne tient pas plus de quelques minutes face à Raichu. Après le match, Sacha emmène Pikachu au Centre Pokémon et hésite à le faire évoluer en Raichu. Finalement, il décide de gagner grâce à la seule rapidité de Pikachu : Raichu ayant évolué trop vite, il ne connaît pas les attaques rapides de Pikachu. Sacha remporte donc son troisième badge : le badge Foudre de Carmin-sur-mer.

Sacha, Ondine et Pierre arrivent au Port de Carmin-sur-mer où la Team Rocket les attend. Jessie et James, déguisés en jeunes filles, offrent des places pour la croisière du Saint-Anne, un bateau de luxe. C'est en fait un piège tendu par le chef de la Team Rocket, Giovanni, qui disperse tous ses membres à travers le bateau pour voler les Pokémon des personens qui se trouvent à bord. Le plan échoue grâce aux dresseurs sur place, dont Sacha et ses amis, mais le bateau subit des dommages et commence à couler. Le capitaine du bateau fait évacuer tous les passagers, sauf Sacha et ses amis, qui sont restés coincés, ainsi que Jessie, James et Miaouss, qui ont été oubliés dans le bateau.

Sacha et ses amis et la Team Rocket décident de s'allier pour sortir du bateau. Grâce à leurs Pokémon, ils réussissent à sortir, sauf la Team Rocket qui sort seule à l'aide du courant de l'eau. Une fois sur un bout de bois qui tient à la surface de l'eau, Sacha, Ondine, Pierre et la Team Rocket sont assaillis par des Léviator sauvages, qui emportent tout le monde dans un tourbillon.

Sacha et ses amis se réveillent sur la plage d'une île, au beau milieu de l'océan. Sacha s'aperçoit qu'il lui manque les pokéballs de Bulbizarre, Salamèche et Carapuce et que Pikachu n'est pas avec lui. Du côté de la Team Rocket, les pokéballs d'Abo et de Smogo ont disparu, tout comme Miaouss. Les Pokémon sont en fait perdus sur l'île et se font attaquer par plusieurs Pokémon géants, qui sont en réalité des machines pour promouvoir un parc d'attractions appartenant au Chef de la Team Rocket.

Sacha, Ondine et Pierre décident de passer des vacances et vont participer au concours de l'été, tout en aidant un vieux monsieur dans son restaurant. Note : Épisode censuré en France.

Nastina, une vieille dame folle et riche a décidé de construire un parc au beau milieu de l'océan, là où vivent les Tentacool. L'un d'eux évolue en un Tentacruel gigantesque et les Pokémon attaquent la ville, faisant des ravages. Ondine obtient un Hypotrempe sauvage, qui l'avait aidé à prédire l’attaque des Tentacool.

La fête de l'été touche à sa fin et, pour célébrer cela, la statue de pierre d'une jeune fille est exposée aux touristes. La légende raconte que le bien-aimé de la jeune fille était parti en guerre, et qu'elle l'avait attendu plus de mille ans sur le rocher, jusqu'à ce que son corps ne fasse plus qu'un avec la pierre.