Saison 1

Virgil et Gordon, bientôt rejoints par Scott, partent à la rescousse d'une équipe de chercheurs dont le laboratoire sous-marin est pris au piège dans un séisme marin. Ils s'aperçoivent alors qu'un déstabilisateur sismique est la cause de tremblements de terre sous-marins en chaîne et, avec l'aide de Lady Pénélope, découvrent rapidement que l'instigateur est The Hood. Après avoir provoqué des séismes marins dans l'Océan Antarctique, il promet d'en provoquer d'autres plus importants dans l'Océan Pacifique et de détruire toutes les villes situées le long de la Ceinture de feu.

Les tremblements de terre continuent. John et Brains doivent localiser les générateurs de séisme et les détruire avant que le Conseil Mondial ne cède au chantage de The Hood et lui remette les Thunderbirds. Entre-temps, Scott and Virgil se rendent à Taiwan où un séisme sous-marin a endommagé un capteur solaire, modifiant son orientation. S'ils n'interviennent pas à temps, le rayon généré par le capteur solaire risque de réduire la ville de Taipei en cendres.

Alan remplit son devoir d'éboueur de l'espace mais sa corvée prend une tournure dangereuse quand un des débris se révèle être une mine thermique qu'Alan active par mégarde. Programmé pour se verrouiller sur la signature thermique des engins spatiaux qu'elle rencontre, Alan tente de l'éloigner des autres vaisseaux, en attendant que John lui fournisse le code de désactivation de la mine. Mais il n'a que trente minutes avant que la charge nucléaire de la mine n'explose. Lady Pénélope et Parker interviennent alors pour trouver ce code dans une installation de stockage top-secrète à Londres.

Thunderbird 5 détecte un pic de rayonnement inhabituel dans un coin reculé de l'Afrique, et Scott se précipite avec Thunderbird 1 pour le vérifier. À l'aide d'un équipement spécial, Scott entre dans la mine et découvre que la source est une fuite d'uranium instable. Quelques instants plus tard, il est attaqué par une femme mystérieuse qui prétend que la mine appartient à sa famille. Au cours de leur confrontation, la mine commence à s'effriter - et Scott et elle doivent trouver une issue.

Kayo est à bord du Fireflash, un avion de ligne supersonique inventé par Brains, mais elle ignore que ses commandes ont été altérées. International Rescue remarque que l'avion a disparu de leurs moniteurs et tente de le localiser. Kayo se rend compte que l'avion vole dans la mauvaise direction et parvient à éviter une puissante attaque au gaz qui a assommé les passagers et l'équipage.

Un groupe anti-technologie se faisant appeler Les Luddites alimentent un appareil à impulsions électromagnétiques sous Londres, paralysant tout ce qui utilise de l'électricité. Le résultat est une quasi-catastrophe alors que toute la ville s'arrête. Virgil et grand-mère Tracy doivent trouver et désactiver l'appareil - avec l'aide de Lady Penelope et Parker.

Un étrange dysfonctionnement se produit sur un train à grande vitesse au Japon, le laissant hors de contrôle et incapable de s'arrêter. Brains propose un plan pour résoudre le problème avant qu'un accident désastreux ne se produise - le seul problème est qu'il devra monter lui-même dans le moteur pour le retirer. Scott parvient à embarquer le génie, où ils trouvent que le problème est plus compliqué qu'ils ne le pensaient.

Une série de pannes d'équipement en cascade amène John à réaliser qu'une I.A. malfaisante a pris le contrôle de Thunderbird 5. Le programme envoie de fausses images de moniteur à l'île Tracy pour tromper les autres frères. John parvient enfin à rejoindre Lady Penelope et l'informe de la situation. Une fois que les autres frères ont compris ce qui se passe, Alan est envoyé dans Thunderbird 3 pour sauver John.

Un dysfonctionnement dans une exploitation minière envoie un astéroïde se diriger vers le Soleil, mettant en danger le membre d'équipage Ned Tedford. Alan et Kayo déploient Thunderbird 3 pour la mission de sauvetage, mais une éruption solaire impromptue aveugle leurs capteurs. Ils atterrissent près de la mine et doivent trouver un moyen de modifier la trajectoire de l'astéroïde pour qu'il fronde autour du Soleil au lieu de s'écraser dessus.

Lady Penelope, Parker et Gordon visitent le désert amazonien, où un archéologue leur fait visiter un ancien temple. Lorsqu'ils sont tous pris au piège à l'intérieur, l'universitaire refuse de les laisser appeler à l'aide, craignant pour sa réputation - le trio de héros doit donc se concentrer sur la recherche d'une échappatoire.

L'International Rescue cloue au sol tous les Thunderbirds volants capables de sauver l'équipage de CIR.R.U.S, une station météorologique de haute atmosphère, maintenant en danger en raison de l'arrivée d'une violente tempête. TB1, TB2 et TB3 sont rapidement paralysés par les conditions, et le seul espoir de sauver la mission réside dans TB5 - et la capacité de John à organiser son sauvetage le plus audacieux jamais réalisé.

Une usine géante d'extraction de métaux lourds, se déplaçant le long des fonds marins du Pacifique et collectant des déchets toxiques, a soudainement été victime d'un incendie de compartiment, la laissant hors de contrôle et se dirigeant vers un gouffre sous-marin. Thunderbird 2 est envoyé avec Thunderbird 4 pour effectuer le sauvetage du seul membre d'équipage, Ned Tedford une fois de plus, et sécuriser les déchets toxiques qu'il transporte. Lady Penelope, quant à elle, enquête sur la société propriétaire de l'usine d'extraction, lorsque John et Gordon soupçonnent que le propriétaire était plus préoccupé par la cargaison que l'équipage, et a bientôt des problèmes avec le Hood.

Brains et Alan visitent le Centre de recherche quantique, adjacent à New Geneva en Suisse, pour voir le collisionneur de hadrons suprême allumé. Un désastre se produit lorsque le collisionneur est allumé, créant un puits de gravité. Un satellite est aspiré dans le centre-ville de New Genève, et International Rescue est mobilisé lorsqu'un avion et la Station spatiale mondiale sont attirés dans le puits de gravité, menaçant la ville. Le seul engin capable de résister à la pression gravitationnelle est Thunderbird 4, utilisé hors de son environnement sous-marin normal.

L'Estrella Grand est un hôtel de luxe auto-construit, conçu par Brains, qui tourne autour de la Terre. L'hôtel souffre d'une mystérieuse brèche de coque qui ne se réparera pas, provoquant sa chute sur terre. Les Thunderbirds 2 et 3 sont lancés pour sauver les invités, dont Lady Penelope et Parker. Kayo vole avec Thunderbird 3 pour monter à bord de l'hôtel à la recherche d'un saboteur.

Une pluie de météorites se dirige vers la base Shadow Alpha un, sur la face cachée de la lune. Le capitaine Lee Taylor s'y trouve toujours.

C'est l'anniversaire de Virgil. Tout le monde fait semblant de l'avoir oublié et John l'envoie même dans l'Arctique, pour avoir le temps d'organiser une petite fête.

Lady Penelope et le professeur Moffat empruntent un train sous-marin pour acheminer le Centurium 2.1, une grande avancée scientifique, vers les Forces de Défense Mondiale.

L'International Rescue a accepté de travailler en collaboration avec les Forces de Défense Mondiale pour une mission d'infiltration.

Robert Williams, le responsable de Dunsley Fields, et son fils Aiden, s'amusent à faire voler une maquette ressemblant à Thunderbird trois sur leur terrain.

Une scientifique se retrouve accidentellement coincée dans le caisson de contention ultra-sophistiqué qui sert à stocker de l'antimatière très instable.