Saison 2

Vera et ses amis vont à Tôkyô. La jeune fille va participer à un concours scientifique et présenter son expérience sur les vers de terre et l'espace. Ils y rencontrent le professeur Honodera, un scientifique harcelé par le fantôme d'un vieux sage. Ce dernier invoque un monstre géant pour détruire les aménagements urbains dont le professeur est si fier. Le Scooby-Gang va aider le scientifique tout en essayant d'échapper à Takehiko Tanaka, une jeune policière ambitieuse aidée par Eliott, un adolescent passionné de sciences qui considère Vera comme sa rivale n°1.

Invités en Égypte, sur un lieu de fouilles archéologiques autour d'une pyramide, Fred, Daphné, Véra, Sammy et Scooby sont surpris, la nuit venue, par la momie d'un pharaon, jadis assassiné.

Le Scooby-Gang participent à une course dans le désert. Les participants concourent sur divers moyens de locomotion : voiture, Mystery Machine pour le Scooby-Gang, moto, kart ou encore Monster Truck. Cependant, un ver géant surgit de terre et s'en prend aux pilotes. Pour ne pas arranger les choses, une secte qui idolâtre le ver gigantesque tente de saboter la course.

Se rendant à l'exposition universelle de la robotique, ils découvrent qu'une attraction, la maison du futur, gérée par un ordinateur, est fermée à la suite d'une disparition et d'évènements étranges.

La bande à Scooby se rend dans un château médiéval pour voir leurs amies, des jeunes filles qui forment un groupe de rock et veulent tourner un clip en ce lieu. Mais l'ancien hôte du château, un vampire les prend en chasse.

Le Scooby-Gang passe Halloween dans le village de Marcy, la cousine de Vera. Mais les épouvantails se mettent à attaquer les gens avec des armes. De plus, le fantôme d'un vieux fou apparaît et annonce aux fêtards que sa prophétie se réalise.

Le Scooby-Gang visite un concours canin. Mais rien ne se passe comme prévu : les petits chiots favoris du concours sont enlevés par deux voleurs. De plus, Scooby-Doo change radicalement de comportement.

Les cinq compagnons sont invités par le célèbre skateur Ryan Sheckler à un concours en plein air de skate à San Francisco alors qu'un monstre décharné couvert d'algues et armé d'un crochet terrorise les concurrents.

Fred, Véra, Daphné, Sammy et Scooby-Doo sont en route pour aller à un festival musical applaudir leur groupe préféré, les Simple Plan. Par hasard, ils les rencontrent lors d'un accident causé par l'Homme invisible.

Sammy et Scooby-Doo gagnent à un concours où deux choix de vacances sont proposés. Ils préfèrent visiter l'usine de Crock-Scooby, leurs biscuits préférés plutôt que d'aller en vacances à la mer, au grand dam de Fred, Daphné et Vera. Cependant, un gigantesque monstre composé de pâte à biscuit les poursuit. Quelqu'un en voudrait-il au directeur de l'usine ?

Le Scooby-Gang participent à un événement festif en Écosse au château de Glasborough. Les visiteurs sont déguisés en chevaliers, princesses et ménestrels. Vera y rencontre son acteur favori qui interpréta Lancelot du Lac dans une série sur la Table Ronde. Mais la fête tourne au cauchemar quand un gigantesque dragon fait son apparition.

La bande à Scooby rejoint des scientifiques qui mènent une expédition en Antarctique. C'est là qu'un grand savant a été enlevé et jeté dans les eaux glacés par une créature affreuse mi-homme mi-piranha.

Scooby et ses amis rendent visite au cousin de Sammy et à son chien Shooby qui tiennent un stand d'objets indiens au Mexique. C'est là qu'un aigle géant les attaque.

Les 5 amis vont en vacances en Grèce. Mais ils sont attaqués par un monstre de la mythologie grecque : un Centaure.