Saison 1

Le jeune lycéen Yugi Muto et ses amis se retrouvent entraînés dans un match mortel de Duel de monstres lorsque le champion Seto Kaiba kidnappe le grand-père de Yugi.

Quand Maximilien Pegasus, l'auteur du jeu Duel de monstres, gagne un match de magie réelle contre Yugi, il choisit de s'emparer de l'âme du grand-père de son adversaire.

Yugi doit se rendre au Royaume des duellistes pour libérer Salomon. Ses amis Téa, Tristan et Joey, qui veut sauver sa sœur malade, se joignent à lui.

Yugi arrive avec ses amis sur l'île de Pegasus, là où les règles de duels mortels sont différentes de toutes celles qu'il connaît, et il doit s'adapter rapidement.

Yugi poursuit son combat contre le tricheur et menteur Insector Haga qui semble prendre l'avantage avec une gigantesque mite.

Joey participe à son premier duel sur l'île où il affronte Mai Valentine, une professionnelle capable de connaître les cartes qu'elle tirera sans les voir.

Affamés, les amis se jettent sur du poisson grillé mais découvrent qu'ils sont tombés dans un piège de Mako Tsunami, l'extraordinaire duelliste venu des sept mers.

Après s'être échappé du château de Pegasus, un jeune prisonnier masqué vole un jeu de cartes et des étoiles puis lance un duel à Yugi et révèle son identité.

Yugi arrive à l'arène du duel pour libérer Makuba mais découvre qu'un "fantôme" volé de l'âme de Kaiba est non seulement son adversaire mais a de grands pouvoirs.

Yugi poursuit son combat contre le fantôme de Kaiba. Le vrai Kaiba, sachant qu'il doit anéantir Pegasus, introduit un virus informatique dans le duel pour l'aider.

Furieuse d'avoir perdu contre Joey, Mai s'arrange pour qu'il rencontre Rex Raptor en duel sans les conseils de Yugi, mais Tristan vient en aide à son ami.

À la fin du duel entre Rex et Joey, Bakura, qui semble gentil au premier abord, se montre sous son vrai jour lorsqu'il envoie l'équipe au Royaume des ombres.

Yami Yugi affronte Yami Bakura au Royaume des ombres, avec un enjeu important car les âmes des amis sont enfermées dans leurs cartes favorites.

Pour aider Mai, vaincue par un exterminateur, Yugi lance un duel à son adversaire, Panic. Mais s'il perd, Yugi mourra consumé par le feu.

Une bataille psychologique a lieu entre Yugi et Panic qui essaient de provoquer des erreurs coûteuses chez l'un et chez l'autre par intimidation.

Lorsque Seto Kaiba arrive sur l'île afin d'y chercher son frère, Joey interrompt le bref répit entre Kaiba et l'équipe en lui lançant un duel.

L'impitoyable Bandit Ken a besoin d'étoiles pour affronter à nouveau Pegasus. Il prend l'équipe pour cible en demandant à l'un de ses sbires de combattre Joey.

Joey a du mal à faire face à une attaque de monstres zombies lors de son duel contre Bonz, mais Yugi et les autres finissent par le trouver et le soutenir.

Alors qu'ils cherchent à sortir de la grotte, les amis sont confrontés aux frères Para et Doxe, hommes de main de Pegasus, qui lancent un duel par équipe à Yugi et Joey.

Kaiba s'infiltre dans le château de Pegasus. Joey et Yugi essaient d'être meilleurs coéquipiers, mais Para et Doxe changent sans cesse la disposition du labyrinthe.