Saison 2

John est avec Jennifer et Matthew, terrorisé, et découvre leur plan : ils veulent que John se marie avec Jennifer. Mais avant qu'il ne réponde, une roquette frappe la voiture. C'est Capitaine Canada, accompagné de Klaus et Doug, qui a tiré, sur ordre de Neil MacCormack, mais il n'avait pas vu que Hoodwink était parti. Grâce à son pouvoir, John est indemne, mais Jennifer est choquée. Capitaine Canada, après une remontrance par téléphone de MacCormack, ramène John, Jennifer, Klaus et Doug au village en volant. MacCormack est atterré et anxieux pour l'avenir, devenu incertain. Cependant, ils ignorent que le village a été détruit par un raid aérien. John est désemparé, d'autant que Jennifer, à son réveil, est amnésique. À Montréal, Hoodwink voit Capitaine Canada se faire tuer par un de ses hommes. Finalement, la nuit, John, Klaus et Doug découvrent que le signal de Hero Corp fonctionne.

John, Klaus et Doug se rendent dans la cave, mais découvrent que c'était une roche qui activait le signal. Ils partent donc avec Jennifer, devenue insupportable et mal aimable, dans la forêt. Chemin faisant, John se remémore les leçons de survie que Mary lui a enseignées. Ainsi, involontairement, ils retrouvent tous les survivants du village, seuls Alan et Dan ne sont plus là. Pendant ce temps, à Montréal, Hoodwink et son homme de main continuent de mettre leur plan en marche. MacCormack, seul et sans vision de Theodore, décide de supprimer toutes les informations concernant le village. Les anciens super-héros se réunissent pour désigner leur nouveau chef, puisqu'ils contestent Mary et John, et c'est Stève qui convainc tout le monde de partir pour une autre base de Hero Corp, une mine de rubis. Au même moment, l'assistant de Hoodwink tente de tuer Theodore, l'oracle de Hero Corp.

Hoodwink et MacCormack s'inquiètent chacun des conséquences de la tentative de meurtre de Theodore, le premier parce qu'il n'a pas réussi à capturer le médium, le second parce que l'intrusion pourrait menacer sa position. Hoodwink s'inquiète également des soupçons de sa femme, qui se doute que sa fille a disparu. Au même moment, les super-héros du village continuent leur marche, dirigé par Stève, mais John reste la tête pensante. Marie essaie de le faire renouer avec Jennifer, qui n'a toujours aucun souvenir de ses sentiments pour lui. Quand Klaus et Doug tombent dans un piège tendu par des hommes de Hoodwink, il faudra une vision de Kyle et la tentative d'enlèvement de Jennifer pour retrouver le chef des ravisseurs. John se découvre un pouvoir de résistance aux balles pour sauver son ex-petite amie, qui est alors prête à lui donner une seconde chance. Après avoir localisé le repère des ravisseurs, John et Mique s'y rendent pour sauver leurs amis, mais ils sont à leur tour capturés et enfermés, alors que John sent un nouveau pouvoir se manifester.

John a un nouveau pouvoir : il explose, ce qui lui permet de libérer Klaus, Doug et Mique. Le groupe commence à s'interroger sur la véritable nature du pouvoir de John. Hoodwink s'impatiente devant l'incompétence de ses hommes de main, qui ne parviennent pas à capturer Jennifer et tuer les villageois. Ceux-ci continuent leur marche vers la mine de rubis malgré les tensions dans le groupe : Cécil et Mique continuent de comploter contre John en visant Jennifer, et Ron fait tout pour contredire Stève. Ils doivent néanmoins s'allier quand John repère les hommes qui les poursuivent, et parvient à les piéger. Lors d'un affrontement, John se découvre un nouveau pouvoir : il se rend intangible pour éviter un combat au corps-à-corps. Finalement, les hommes de Hoodwink se montrent sans pitié mais inutilement, puisque les villageois parviennent à les semer. La même nuit, la mère de Jennifer part rechercher sa fille. Près de la mine, le pouvoir de Mique s'affole, alors que le tunnel a été détruit. John s'apprête à abandonner quand il comprend que Mique capte les pensées d'un survivant. Une fois sauvé, celui-ci lui révèle que le commanditaire est Hoodwink, qui connait tous les sites de Hero Corp et les a faits détruire. Mais John sait qu'ils ont un moyen de pression : Jennifer. Il ignore cependant un secret que Marie connait : le minier secouru est le père de John.

La nouvelle se répand que les sites de Hero Corp ont tous été détruits, ce qui vaut à MacCormack une sérieuse remontrance de Favreau, le maire de Montréal et membre du conseil d'administration de Hero Corp. Mais MacCormack refuse d'abandonner le siège de la société, persuadé que ce sera la prochaine cible de Hoodwink ; en réalité, il vise Favreau. Marie et John senior décident de se rendre au hangar secret de Hero Corp, perdu dans les montagnes et dont la localisation tient en une énigme incompréhensible. Alors que les héros glanent les indices, John senior essaie de se rapprocher de son fils, tentative qui se termine en quiproquo. Jennifer continue de se plaindre à John, qui craque et s'ouvre à elle en lui faisant comprendre la situation de son point de vue. Après plusieurs heures, les héros trouvent l'entrée du site, que John senior ouvre. Mais quelqu'un est déjà présent dans les lieux.

Les héros s'installent dans le bunker, et John doit tout gérer : les disputes pour les chambres, la réactivation en électricité du site, Burt assigné à la tour de garde, Jennifer qui refait des siennes, et des crises de douleur qui le prennent par surprise. Marie essaie de pousser John Senior à parler avec son fils, mais il en est incapable et préfère essayer de remettre le site en état de marche. Stève et Ron fouillent les cuisines quand il repère un intrus. Ils le poursuivent sans succès, jusqu'à la tombée de la nuit. Dans le noir, les héros s'organisent et trouvent un homme. Il s'agit de Valur, chef du site d'Islande qui montre sa bonne fois en réactivant le site, mais qui vient d'arriver sur place. John est épuisé par sa journée et va pour se coucher quand il découvre que Jennifer a retrouvé la mémoire. Alors que John senior se désespère de trouver un moyen de contacter le siège, l'intrus le trouve.

L'ordinateur du bunker ne redémarre pas, mais John décide de rester optimiste. Burt et Stan parviennent finalement à retrouver l'intrus : Araignée man, le gardien du site, qui ne s'exprime que par sarcasmes et refuse d'aider les héros. Soudain, l'ordinateur s'emballe et le système de défense se retourne contre les hommes à l'intérieur. John a toujours ses douleurs soudaines qui le prennent. Il découvre aussi que les souvenirs revenus de Jennifer ont réveillé un appétit sexuel très développé, mais avec l'ordinateur fou, elle se retrouve coincée derrière un mur dérobé. Quand l'ordinateur exige un sacrifice pour redémarrer, John refuse que John senior ne se laisse mourir, ce qui permet de passer le test et relancer le système : Araignée man explique que c'était un piège au cas où le bunker aurait été découvert par des super-vilains. Maintenant que le site est sûr, les héros peuvent s'organiser pour préparer la suite, mais un inconnu vient vers le bunker.

Valur, qui a pris la tête du groupe, confie à Doug et Stève la surveillance du téléphone qui permettrait de contacter le siège de Hero Corp. Mique et Kyle découvre dans des archives que John senior est le père de John, mais celle qui explique pourquoi il a abandonné son fils a disparu. John se sent d'ailleurs de plus en plus mal, ses douleurs devenant de plus en plus intenses et rappelant des souvenirs très anciens. Il se charge néanmoins d'aller chercher l'homme qui essaie d'entrer dans le bunker, mais il s'effondre dans la forêt. Quand Klaus va le chercher, John le repousse violemment. En fait, l'homme de l'extérieur est Jean Micheng, un Franco-Vietnamien venant du site Japonais d'Hero Corp. John senior comprend vite ce qui arrive à son fils : il perd ses pouvoirs par sa faute. Quand il en a confirmation, il préfère partir, laissant John guérir ses blessures. Quand Mique est sur le point de tout révéler à John, il refuse, préférant essayer d'arrêter d'être un traître et rejoindre le groupe. Doug reçoit un appel du téléphone, mais se méprend sur le message: le siège l'a appelé, or il ignorait que l'interlocutrice était une des héroïnes de la grande guerre. Pendant ce temps, Jennifer veut organiser une brocante dans le bunker, mettant par là les hommes de main de Hoodwink sur les traces des super-héros. Jennifer découvre également une des archives de Hero Corp.

John et Klaus partent dans la forêt pour retirer les panneaux de signalisation de Jennifer, mais ils tombent dans un piège ; ils sont récupérés par un homme, Hoger, qui vit dans une maison isolée et prend soin d'eux. Jennifer tente de découvrir le secret du groupe en interrogeant Mary, qui noie le poisson, avant de surprendre une réunion des héros. Ceux-ci s'entraînent en attendant un signal du siège de Hero Corp. Valur décide d'aider Burt à redevenir Acide Man en lui confiant son secret : une tisane personnelle. John a des doutes sur Hoger. Il découvre finalement qu'il s'agit d'un ogre qui les a capturés, lui, Klaus, Captain Sports Extrêmes et les hommes de main de Hoodwink pour les dévorer, son livre Comment servir l'homme étant non pas un traité de philosophie mais un livre de cuisine. Quand Burt les retrouve dans la forêt, il relance de l'acide. Valur lui explique peu après qu'il n'y a rien dans son thé, mais qu'il fallait toujours croire être un héros. Stève a un appel du téléphone, leur donnant l'ordre de ne pas quitter le bunker ; il ignore que Geneviève, la messagère, est en fait menacée par le bras droit de Hoodwink.

Le bunker a des problèmes d'arrivée d'eau. Cecil en profite pour essayer d'améliorer ses rapports avec John. Mais pour arriver au conduit bouché, ils doivent traverser un miroir qui reconnait les héros aux mauvaises arrière-pensées. Derrière, ils réparent le tuyau bouché et découvrent un toboggan d'évacuation du bunker. Theodore a enfin eu une vision : il sait qu'il y a des survivants, qu'ils sont au bunker, mais que le 17e arrivé sera un traître. Mac Cormack est surpris que Chevaline, la messagère, ne l'ait pas prévenu et se rend dans son repère. Il y laisse le message de la vision à Doug avant de retrouver par hasard Laurence, toujours dans son bocal. Neil a l'idée de l'utiliser pour espionner Favreau. Quand Doug transmet le message, les héros se dénombrent à 16 jusqu'à ce que deux nouveaux arrivent : une belle femme indienne et Rémy-Pierre, blessé. Les interrogatoires des derniers arrivés ne donnent rien, mais John et Cecil ont une idée : utiliser le miroir. Neil découvre que Favreau compte se servir des derniers échecs de Hero Corp pour se faire réélire, mais il ignore que sa campagne sera financée par Hoodwink. Au bunker, après avoir refait les comptes, ils sont 16 avec les nouveaux arrivants (ils ont compté Jennifer comme une héroïne alors que les visions de Théodore ne concerne que les supers-heros). John compte donc se préparer pour la prochaine venue, qui pourrait être celle d'un revenant : The Lord.

Les émeutes à Montréal deviennent très problématiques, mais Neil MacCormack a un nouveau problème : Favreau a été enlevé pour une rançon. Au site, John parvient à s'ouvrir plus facilement à Eshana, la super-héroïne nouvelle venue, ce que Jennifer apprécie peu. En sortant en forêt avec Rémy-Pierre, ils trouvent The Lord, venu se rendre au bunker pour s'allier aux autres héros contre Hoodwink. En signe de bonne foi, il donne son médaillon. Hoodwink prépare son attaque du bunker, et confie à sa taupe, Rémy-Pierre, la mission d'éloigner sa fille des lieux avant l'invasion. La tâche de l'espion n'est pas arrangée par Mique, qui essaie de s'en faire un ami. Grâce à Eshana, John commence à maîtriser son pouvoir, ce qui le met très mal à l'aise maintenant qu'il se sent coincé entre deux femmes. Mais l'enfermement cause des tensions dans le groupe et Doug veut partir, suivi rapidement par Stève, Ron et Stan. Leur départ se négocie dans un match de handball, remporté à la mort subite par ceux qui veulent partir. Mais il y a un nouvel arrivé : Neil Mac Cormack.

Mac Cormack est venu au bunker pour chercher les survivants afin de ramener la paix à Montréal. Mais au moment où il apprend la présence de The Lord, ils discutent en secret de l'arrivée du super-vilain, en qui Mac Cormack n'a aucune confiance. Quand Rémy-Pierre informe de la présence de l'ex-directeur de Hero Corp sur les lieux, Hoodwink est ravi. Il doit donc se presser pour faire sortir Jennifer, et pour cela, il trouve de l'aide avec Mique, qui a une idée pour retarder le départ des héros en poussant Marie dans un escalier. John confie le médaillon de The Lord à Klaus, qui ne peut s'empêcher de jouer avec. Mais le soir venu, The Lord rappelle le médaillon à lui et utilise son pouvoir sur Marie. Pendant ce temps, John part en secret rejoindre Eshana, ce que découvre Jennifer qui quitte le bâtiment. Mique en profite pour la capturer pendant que Rémy-Pierre va préparer l'attaque de Hoodwink

Le bunker est attaqué. Marie donne les instructions pour ouvrir le toboggan d'évacuation : quatre boutons doivent être activés dans un ordre bien précis. Mais les hommes de Hoodwink barrent le passage d'un des boutons, et l'ordre n'est pas respecté, ce qui déclenche un système d'auto-destruction. Chacun récupère alors des affaires, Kyle reprenant des extraits d'archive et Mac Cormack un flacon de poison. Mique, qui veut en fait faire bonne figure auprès des autres héros, essaie d'éloigner Jennifer de Rémy-Pierre, mais celle-ci refuse de se laisser faire. Le télépathe doit donc l'assommer. Quand John part pour les retrouver avant l'auto-destruction du site, il rend le médaillon à The Lord. Rémy-Pierre parvient à semer le doute temporairement, jusqu'à ce qu'il se retrouve enfin seul avec le traître, qui n'est pas handicapé et peut parfaitement combattre grâce à sa canne. L'affrontement tourne en faveur de John, qui tue Rémy-Pierre juste avant de se ruer vers le toboggan. Au même moment, Theodore a une vision : celle d'une nouvelle ère qui commencera alors qu'un homme aura fait un choix crucial.

Les héros se retrouvent séparés en plusieurs groupes à travers la ville après avoir évacué le bunker. John rejoint donc The Lord, MacCormack, Mique et Jennifer, dans une ambiance très froide. Alors qu'ils se mettent en quête d'un bateau, ils trouvent Mégane, la mère de Jennifer, qui explique à la jeune femme qu'elle est la fille de The Lord.

Klaus, Doug, Stève, Eshana et Ron parviennent à identifier la menace qui rôde dans leur quartier : des vampires de jour. Après les avoir vaincu en combat, ils essaient de les réconcilier avec les gens du quartier, mais à peine partis, ils se vengent, en ignorant de plus que Doug a été mordu. De leur côté, Captain Sports Extrêmes, Burt, Stan et Jean Micheng parviennent à quitter la forêt en emmenant deux des hommes de Hoodwink avec eux.