Saison 1

Black Jack accepte une rémunération de trois millions de dollars de la part de la jeune et belle Sayuri Crossword pour soigner Manabis Crossword (le président de la Carosan Corporation et le mari de Sayuri) sur l'île isolée de Raoski, balayée par les vents.

Il y a six mois, lors d'un séjour à S-city, Black Jack a sauvé Rei Fujinami, l'une des quatre filles qui s'était blessée en faisant du patin à glace. Aujourd'hui, lors d'une escale à S-city, il la rencontre de nouveau et elle lui demande de soigner son amie Yumiko Inoue qui est dans le coma après une chute de 80 mètres.

L'armée de l'air fédérale attaque la république d'Ortega en accusant son chef, le général Cruz, d'activités criminelles internationales. Pendant ce temps, Black Jack est chargé par une femme appelée Maria d'opérer une personne inconnue.

Le docteur Kiriko se révèle être un médecin qui aide ses clients à mourir. Black Jack est appelé pour aider Michelle Rochasse, une actrice de cinéma visiblement sous-alimentée et faible, incapable de s'alimenter.

Alors qu'il est en vacances, Black Jack croise dans un train un jeune homme appelé Leslie Harris. Des blessures par balles apparaissent mystérieusement sur son corps, saignent, puis disparaissent

Black Jack reçoit de Saburo Taneda une grosse boîte de vieilles devises japonaises, avec une demande urgente pour soigner sa femme mourante, mais l'envoi remonte à deux ans. Jack et Pinoko se rendent au mont Yashaga, dans une tempête de neige

Yasuhiko Shirabyoshi, le riche chef de chirurgie de l'université de Tozai, est choqué lorsque sa fiancée, Catherine, demande un report de six mois de leur mariage, car elle s'est portée volontaire pour apporter une aide médicale aux personnes touchées par la guerre civile dans l'Adentarl. Catherine rencontre Jack alors qu'elle se rend dans un camp de réfugiés, où il recherche une jeune fille appelée Karen Aramis pour le compte de sa mère, Saranda, et de son grand-père Patterson, parrain du crime, car elle est atteinte d'une maladie cardiaque héréditaire, la tétralogie de Fallot.

Près du village isolé de San Ferna, dans les Andes, un vieux hêtre est sur le point d'être abattu pour faire place à une autoroute, mais le vieil homme Armando proteste en disant qu'il protège le village. Jack reçoit une demande téléphonique d'Andrew, un garçon dont le frère Lawrence a des plantes qui commencent à pousser sur son corps.

Un gamin des rues attaque et endommage des voitures de luxe, et l'affaire est confiée à Takasugi, de la division des mineurs. Les enquêteurs trouvent une correspondance entre les empreintes digitales du jeune et celles d'une femme connue sous le nom de "Love Hotel Killer", qui tue ses clients. Pendant ce temps, Jack est appelé à examiner Koichiro Tsuzuki, le jeune dirigeant de la société Tsuzuki, qui a développé une grosse tumeur sur l'abdomen qui ressemble à une escarboucle et à un visage humain.

La société D.L. Chemical est reconnue coupable d'avoir empoisonné les personnes qui ont consommé des poissons pêchés dans la baie affectée par les déchets toxiques qui se sont déversés dans la baie de Mikazuki. Elle est condamnée à verser des dommages et intérêts pour de nombreuses personnes décédées et des centaines d'autres qui ont souffert de divers symptômes à la suite d'une toxémie due aux métaux lourds. Les représentants de D.L. Chemical demandent à Jack d'aider 300 patients qui ont besoin d'une intervention chirurgicale urgente.

Pinoko s'effondre soudainement et au même moment, Lady Yurie, chef de la très réputée famille Saionji, s'effondre également lors de la répétition d'une danse traditionnelle. Black Jack ne trouve aucune cause au malaise de Pinoko, mais il est intrigué lorsqu'on lui demande de soigner Lady Yurie, à qui il a retiré un cystome tératoïde il y a des années.

Une femme s'effondre sur le vol de Black Jack à destination de Tokyo et nécessite des soins d'urgence immédiats. L'avion est redirigé vers la Corée du Sud, mais il s'agit d'une ruse, et Jack est enlevé et emmené dans le pays voisin d'Anryon. Jack est contraint de soigner leur chef, le général Che Hyoku, qui souffre d'un gliome, mais qui est allergique aux anesthésiques courants.