Full Metal Panic? Fumoffu

Une admiratrice secrete laisse une lettre d'amour dans le casier à chaussures de Sousuke. Au lieu de trouver la lettre, il en déduit que son casier a été trafiqué et le fait rapidement exploser. À partir de ses fragments, Sousuke interprète à tort la lettre comme une menace de mort et confronte son « harceleur ».

Au cours d'une journée à la plage, Kaname est contrarié par l'insensibilité de Sousuke. Quand elle part seule, on lui demande de prendre le thé avec un garçon qui est amoureux d'elle. Sousuke, cependant, croit qu'elle a été kidnappée et procède à son sauvetage.

Lors d'une excursion, la classe choisit Sousuke comme modèle pour leur projet artistique. Cependant, Sousuke interprète mal les conseils de modélisation qu'il reçoit de son professeur d’art, transformant le devoir avec ses camarades de classe en un jeu de vie ou de mort. Kaname va à un rendez-vous avec un ancien camarade de classe dans un parc d'attractions tandis que Sousuke et Kyoko la suivent. Sousuke semble soulagée qu'elle ait simplement un rendez-vous jusqu'à ce qu'un groupe de yakuzas ivres menace Kaname. Ne voulant pas révéler qu'il la suivait, Sousuke vient à la rescousse déguisé en mascotte du parc d'attractions.

Sousuke et Kaname demandent au club de karaté de l'école de quitter leur dojo, qui doit être démoli. Cependant, le club refuse de partir, défiant Sousuke dans un duel où ils partiront s'ils perdent. Sousuke bat les membres du club avec une relative facilité jusqu'à ce qu'il affronte le capitaine du club. Comme test de supériorité, Sousuke et le capitaine du club de karaté s'affrontent pour soigner le concierge de l'école blessé ; Cependant, leurs efforts trop zélés font plus de mal que de bien. Le concierge essaie d'être patient, mais finit par devenir fou furieux quand ils lui servent accidentellement son précieux animal de compagnie pour le dîner.

Sousuke et Kaname enquêtent sur des incidents bizarres où un prédateur masqué attaque des écolières et leur fait des queues de cheval. Avec l'aide d'une policière locale, ils ont mis en place un piège pour attraper l'attaquant en utilisant Kaname comme appât. Pour enseigner à un Sousuke stoïque le sens de la peur, Kaname l'emmène dans un hôpital hanté, mais elle devient plus effrayée que Sousuke. Ils apprennent que la rumeur de l'hôpital hanté a été perpétuée par la mère et le fils qui y vivaient et qui voulaient la paix et la tranquillité.

Pour empêcher l'école de dissoudre l'équipe de rugby, Sousuke et Kaname les aident à s'entraîner pour un match contre une école rivale. En découvrant que les joueurs sont timides et passifs, Sousuke les soumet à un entraînement de base exténuant pour les endurcir, ce qui les aide à gagner le match.

Pendant une accalmie à la base militaire après les événements des derniers épisodes de la première saison, Tessa décide de passer du temps en tant qu'étudiante étrangère au lycée de Kaname et Sousuke pour en apprendre davantage sur la vie scolaire.

Sousuke, Kaname, Tessa, Kurz, Melissa et leurs amis se rendent dans un onsen (sources chaudes) pour se reposer et se détendre avant que Tessa ne retourne à la base militaire. Sousuke met en place un périmètre défensif et des pièges autour du bain des filles, déjouant les tentatives des autres garçons de jeter un coup d'œil.

Sousuke et Kaname découvrent que Ren Mikihara est une fille yakuza dont les membres demandent leur aide pour faire face à un gang rival. Sousuke, déguisé en mascotte, entraîne les membres yakuzas. Lorsque le gang rival kidnappe Kaname et Ren, Sousuke et ses recrues les sauvent déguisés en mascotte.

Un manque d'espace pour tous les clubs des élèves incite à revoir les salles attribuées à chaque club. Parce qu'ils n'ont que deux membres, le club de sciences sociales accepte de céder leur chambre par le biais d'un concours pour voir quel club peut recruter le plus de membres du sexe opposé.

Un camarade de classe ouvre accidentellement un conteneur de Sousuke qui contenait un virus, provoquant ainsi une quarantaine de la classe. Sousuke apprend plus tard que le contenu n'était pas pathogène mais détruit les vêtements synthétiques à la place. Soulagé qu'il n'y ait pas d'épidémie, il craint maintenant les répercussions de ses camarades de classe en colère.